陈水扁可能也没有想到，致命一击出自亲信之手。
台湾“金援弊案”的发展在周二产生阶段性高潮，邱义仁、黄志芳与柯承亨先后辞职下台获准。
台湾《中国时报》就此发表社论说，这只是阶段性高潮，因为仍然有许多细节尚未公开，而将来是否有哪一位大员会遭到收押禁见仍未可知。但是，抛开这些“司法”层面，即使是单从政治角度观察，就已经足以给所有的政治人物极大的警惕。
此案执行操作与付款的是“外交部”，但是“部长”黄志芳却声称他是受“副院长”邱义仁之命而办事。再把先前爆发的鐽震案与阳信银行拨款案做比对，就发现其中的共通点：因鐽震案下台的“国防部长”李天羽、同意邮政储金转存阳信的“交通部次长”何暖轩与“金管会主委”胡胜正，据报载也都是奉邱义仁之命而办事。“行政院”团队固为一体，机关首长奉“副院长”之命办事也不能说错，但是若因邱义仁之口头指示就跳过所有的标准作业程序，甚至连个书面文件都付之阙如，那就问题严重了。
社论指出，当邱义仁说要拨款“外交掮客”、要转存百亿邮储、要成立军火公司时，没有任何一位“部长”敢向长官要一份书面手谕、敢向长官的长官（如“行政院长”、“总统”）查证原意，这就凸显出邱义仁是今上亲信、是权力核心、是惹不得的天子分身。一旦亲信政治当道，所有的官僚标准作业程序就只能闲置一边，仅供参考。即使黄志芳、李天羽、胡胜正觉得程序上有瑕疵，也绝不敢多所造次，因为他们知道，就算把事情原委呈报圣上，天子袒护亲信的机率也极高，到头来一切回归原点，只是徒然平添了自己的一项污点。预知事后如此，外围官僚在事前就绝不敢对宫廷内圈的亲信有所询问。久而久之，只要是亲信口头交办事项，甚至谎称是“上面”的意思，下层官员就不敢请长官书面下条子、不敢向“上面”查证、当然更不敢提出不同意见。发展至此，则亲信政治之危害已经造成；至于何时会爆发弊案或丑闻，只是机运问题而已。
华人政治圈的亲信政治当然不是从扁当局开始；历代皇帝身边的宦官外戚近臣能有多大影响，就看他们与皇上“有多亲近”。上古史不谈，蒋经国时代的王升、李登辉时代的苏志诚，显然都是权力与官职极不相称的亲信典型。在刘泰英当红时代，还曾经以党营事业小主管的身分，声言要把当时的“行政院长”萧万长“留校察看”。而苏志诚对外放话斥责年龄、辈分、官衔比他高得多的政坛大老，更是时有所闻。王升的亲信地位在蒋经国的警觉下告终，但苏志诚与刘泰英则是权倾一时，直到李登辉卸任为止。
回过头来看看陈水扁时代的亲信政治，大概可以分为两个时期。在吴淑珍、赵建铭、赵玉柱这些夫人派涉案之前，马永成是扁当局最重要的亲信。小马不但是“总统办公室”的主任，更是吴淑珍意志的延伸。除此之外，夫人身边诸如黄芳彦、张兆顺、罗太太之流，即使完全不属官僚体系，都有呼风唤雨、到处“乔人事”的能耐；他们也是广义的亲信。在夫人涉入“公务机要费”案件之后，其代言人马永成下台，其余夫人派亲信稍事收敛，于是最近两年成就了邱义仁的天下。
社论直言，回顾“金援弊案”、鐽震案、阳信银行拨款案等诸多邱义仁所涉之案，都是在第一亲信马永成下台之后的发展，可见成为皇帝身边第一亲信之关键。
“立委”柯建铭说，邱义仁也许是聪明一世、胡涂一时；然而从制度面来看，标准作业程序原本就是为了避免官员胡涂疏忽而设。邱义仁糊不胡涂、聪不聪明、贪不贪心都不是重点；一但政治运作由行政官僚变为宫廷核心、由书面作业改成口头指示、由体制运作转为人际关系，则亲信政治就已然成形。
社论最后表示，人类历史上从没有人逃得过艾顿爵士“权力使人腐化”的铁律，从政治学理来看，民主政治之权力分立、有限授权、定期改选、相互制衡等设计，就是要防堵像邱义仁这样的滥权。邱义仁身处权力核心之最内圈，不被“国会”监督、不受体制约束，走到这一步就已经是偏离了政治的常轨。一位念政治学的人胡涂至此，究竟聪明在哪里呢？
