当前，中国有着4000多万事业单位从业者，覆盖70%以上的科研人员、95%以上的教师和医生。这一制度的改革，事涉“最广泛的阶层和行业”，事涉教育、医疗等相关领域改革，总能引来广泛关注。
2009年9月的国务院常务会议上，就划定了事业单位绩效工资改革的“三步走”路线图，其中第三步是：从2010年1月起，在所有事业单位实施。到现在，已经过去一年多，仍没有全面铺开，这样的情况，也正说明这一改革的复杂性和艰巨性。
所有的改革，都是利益的重新分配。改革的阻力，来自既得利益的保守；改革的动力，则来自对未来利益的预期。而改革的过程，可说就是各方利益的博弈。事业单位的绩效工资改革中，同样如此。如何按照国家制定的有关政策，公正公平地处理利益的分配，打破“铁饭碗”，克服长期以来缺少竞争、僵化、封闭的格局，真正达到改革的初衷，是当前事业单位绩效工资改革面临的挑战，也是事业单位体制改革核心的问题。
事业单位制度是一种有“中国特色”的制度，在某种程度上，它源于“大政府、小社会”的历史制度构建，是政府履行了社会的职能。在纪念建党90周年庆祝大会的讲话中，胡锦涛总书记强调，要不失时机地推进重要领域和关键环节改革。事业单位改革以及与之相关的社会领域改革，可说正在其中。而绩效工资改革，可能只是艰难的第一步。
普通职工在改革的利益博弈中话语权较弱，处于相对的弱势状态。正因此，在这一改革中，尤其需要注重对职工权益的保障，只有保证他们的利益，才能使改革得以顺利推进。
在这一改革的过程中，需要给职工以知情权、参与权、表达权和监督权。在事关职工切身利益的岗位评定、绩效评估和福利保障等方面，都需要让广大职工看得见事、说得上话甚至插得上手。只有在公开透明、广泛参与的原则之下，才能保证利益的均衡，也才能保证改革整体的公平公正。
在改革中，也需要引入外部的监督力量，确保改革方案和改革程序的合理。事业单位的原主管部门，需要加强指导。事业单位的工会等组织，同样需要在改革的过程中认清自己的职能、发挥应有的作用，切实维护职工合法权益。同时，在方案制定与实施上，尽可能公开透明，让社会公众监督；在考核评定中，还可以适时引入专业第三方参与，增强绩效工资的科学性与权威性。
