日本“读卖新闻”25日在解说版报导，马英九执政，他的外省菁英领政及权力核心几无知日派人士等因素，使得马当局的对日政策是将日本视为“经济伙伴”，而非陈水扁执政时将日本视为安全保障、共享民主的同盟关系。
台湾中央社引述“读卖新闻”报道指出，台日之间每年往来人次高达两百四十万人，这几年，台湾人票选最有好感的国家是日本，在亲日的陈水扁当局执政下，双边关系甚至达到一九七二年“断交”以来最好的状态，五月就任的马英九也表示将循此流向，重视日本。但是本月十日在钓鱼台群岛海域，日本巡防艇撞沈台湾海钓船的事故，导致台湾对日批判的气氛增强。
报道说，马当局受到执政党国民党内亲中派持对日强硬论者的影响，派九艘海巡舰“侵入日本领海”，宣示台湾的主权，导致与日本关系紧张，这与李登辉、陈水扁执政时未对日强烈主张钓鱼台主权的情况不同。这也让外界看到马当局有着易对日本采严格态度的体质。
该文分析指出，其背景是因为国民党与民进党的历史观不同。国民党是由曾与日本抗战过、战后从大陆渡台的外省人所领导的政权，因此约两成的少数派的外省人对日本持严格的态度。相对于此，民进党是以曾接受过日本统治的本省人为主、于八零年代创党。与本省人相较之下，怀有亲日的感情。
该文说，另一点就是马当局的权力核心几乎没有知日派，也攸关其对日政策的走向。马英九、“行政院长”刘兆玄、“总统府国安会秘书长”苏起等三人都是在美国取得博士学位的国民党外省人菁英，与日本关系度较低，这跟李登辉、陈水扁两位本省人政权特别重视日本的氛围不同。马英九就职演说当中，就未言及日本，有别于四年前陈水扁就职演说。
该文又指出，急速改善对中国大陆的关系，也影响到马当局的对日姿态。有别于陈水扁执政时将中国大陆明确定位为军事上的“敌人”，马英九尽量避免批评中国大陆，他采取优先改善两岸关系。亦即，陈水扁执政时，将日本定位为共享安全保障及民主主义的“同盟”，但马英九主要是将日本视为“经济伙伴”。
文章认为，尽管马英九期待维持对日关系，但“立法院”占有三分之二以上席次的国民党内，有亲中统一派，今后，攸关主权、历史问题很可能再度摆出对日强硬的姿态。
文中呼吁，日本有必要正视目前台湾“向中靠拢”的现实及台湾人对日本怀有复杂情感的实情，认真地与安保上相当重要的台湾好好建立关系及对话。马当局要求日本能早日签订“台日自由贸易协定”、“缔结渔业协定”等。日本也应赶紧培养台湾的知日派。
