1991年12月16日，为了适应台湾当局授权成立财团法人海峡交流基金会（简称“海基会”）后的新形势，推动海峡两岸关系向前发展，国务院授权成立了专职处理两岸交流事务的社团法人海峡两岸关系协会（简称“海协会”）。20年来，海协会秉持“促进海峡两岸交往，发展两岸关系，实现祖国和平统一”的宗旨，在中共中央和中台办、国台办的直接领导下，做了大量的工作，在两岸交流互动中扮演了不可或缺的重要角色，对于推动两岸人民往来、增进彼此的了解、理解，推动两岸经济合作、实现互利互惠，推动两岸文化大交流、丰富中华文化的内涵，确保两岸交流的正确方向及其秩序与效率，发挥了积极的作用。在某种意义上可以说，没有海协会的特殊角色及其所起的作用，就不会有两岸今天的大交流大合作大发展局面的形成。
回顾这20年来海协会的经历，大致可分为三个阶段。
第一个阶段从海协会成立起到2000年5月约7年多的时间。这个时期两岸关系的特点是起起伏伏、时好时坏、欲进还退。海协会成立之初，与海基会在进行事务性商谈的过程中，历经曲折反复，磨合出“九二共识”（即：各自以口头表述的方式表明“海峡两岸均坚持一个中国原则”）这一互动的政治基础。其后，两岸两会先后进行了包括第一次“汪辜会谈”在内，各种层级的17次商谈和1998年10月的政治对话，签署了4项协议，对解决两岸交流中的具体问题，维护两岸同胞的正当权益，促进两岸经贸合作和各项交流的开展，起了积极作用。第一次“汪辜会谈”实现了两岸高层人士40多年来的首次会晤，迈出了“两岸关系发展中历史性的重要一步”。然而由于台领导人李登辉逐步背离“一中原则”，特别是其1995年访美期间大搞分裂活动，并于1999年汪道涵即将访台前夕发表“两国论”言论，致使两岸关系发展的政治基础迭遭破坏与挑战，祖国大陆不得不同以李为代表的分裂势力进行坚决斗争，两岸关系陷入紧张状态，两会的制度性联系协商机制遂告中断。
