双方也同意平时应以书面方式定期互相交换传染病疫情及卫生检疫等资讯。 双方同意尽速通报可能或已构成重大突发公共卫生事件的传染病疫情，并持续沟通及通报相关资讯。如接获对方查询时，应尽速给予回应与协助。
据协议，重大疫情通报的内容，包括病例定义、实验室检验数据、疫情来源、病例数、死亡数及采取的防治措施等。必要时，双方得商定变更通报内容。
协议指，如有对方人民在发生重大疫情方受感染的资讯，该方应通报对方。
而当发生重大疫情方，应即时采取有效监测及处置措施；必要时，得请求对方积极提供协助。发生重大疫情方，于对方请求时，应提供疫情调查情况，并积极考量协助对方实地了解疫情。
两岸双方同意就共同关切的传染病防治策略、检疫标准、处置措施及其实务演练、检验技术与实验室标本以及疫苗研发等，进行交流与合作。
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