据新加坡《联合早报》27日报道，分析员指出，埃及穆斯林兄弟会候选人穆尔西当选总统之后，穆兄会与埃及军方的长期对抗将进入新的阶段，这次将是在政府体制内抗争，可以预见的是，伊斯兰教派将被迫做出更多妥协。
自前总统穆巴拉克在16个月前下台以来，穆尔西是上台的第一位民选和没有军事背景的总统。不过，由于军方之前已通过一系列手段架空了总统的许多权力，他肯定不会是个拥有实权的总统。
路透社分析指出，穆尔西将无法改变现状。他在竞选中许下的一些承诺如实行伊斯兰教法，将在政治现实中被迫束之高阁。而穆尔西虽将组织自己的总统行政团队和委任新总理与新政府，但他没有国会可以立法通过他所要推动的一些计划。
埃及军方早在第二轮总统选举投票一结束，就立即颁布临时宪法，让军方将领牢牢控制国家大权，拥有立法权同时掌控国家预算。
分析员认为，穆尔西的盘算是先站稳脚跟，尔后在内部慢慢累积实力，再图压倒军方，但这个如意算盘恐怕敲不响。摆在穆尔西面前的是问题众多、分崩离析局势动荡的残局。
埃及所面对的种种问题如果仍旧无法获得解决，总统与文官政府将首当其冲受到责难，反观军人理事会可隔岸观火置身事外。
驻开罗的一名西方外交官说，穆兄会得接受现实，他们如今所获得的，是一年半前所想像不到的，“即使总统权位是不完美的，但总好过没有。”
一般认为，尽管面对军方的制肋，穆兄会在高调抗争的同时，也不得不私底下向军方作出妥协。穆兄会一名高级成员透露，穆尔西和他的团队已同军方商讨让民选国会恢复运作和其他课题。
卡塔尔多哈的布鲁金斯中心研究主任哈米德说，“双方必然会进行一些交易，武装部队最高委员会有的是坦克和枪炮，穆兄会清楚得很，双方必会有些暂时性分享权力的协议，彼此必须互有退让。”
《纽约时报》分析称，穆尔西首次公开演说便对军方赞不绝口，还说他“心中对军人的敬爱，也许只有上帝知道”，这显示穆尔西意识到自己扮演的角色已经改变，不再是一个被封禁的伊斯兰教运动的代表，而是一国领袖，也是同军方将领讨价还价的首席谈判代表。
穆尔西必须说服埃及民众，他代表的是国家和全民的利益，不是代表穆兄会的狭隘利益。但不管是穆兄会阵营还是分析家和学者都不看好穆尔西能够办到，因为他既不是穆兄会当初的首选候选人，其崛起过程乃机缘巧合，也被视为能力平庸和缺乏领袖魅力，恐怕难以应付埃及当前的众多挑战。
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