埃及当选总统穆尔西25日搬入总统府，随后同武装部队最高委员会主席坦塔维元帅和过渡政府总理詹祖里等人磋商组阁事宜。埃及《金字塔报》称，如何平衡宗教势力、军方、革命力量以及世俗党派等各方利益，将考验穆尔西的政治智慧。不少埃及媒体猜测，国际原子能机构前总干事巴拉迪是总理最佳人选。而美国政治学者约舒亚·斯达奇评论称，在强势军方的掣肘下，穆尔西的政治活动空间很小。外界对穆尔西的执政能力也持怀疑态度。
《埃及每日新闻报》26日称，当选总统穆尔西25日在警察和共和国卫队的保护下，搬入前总统穆巴拉克工作了近30年的总统府，并开始商讨任命副总统、总统团队、总理和内阁部长等。同一天，军方任命的过渡政府总理詹祖里提出辞呈，并承担起看守总理职务。另据美国CNN报道，落选的前总理沙菲克26日已经离开埃及，前往阿联酋。
英国BBC评论说，穆尔西6月底将宣誓就职，尽管他强调内阁“将代表全体人民”，但“革命”后一直实际统治埃及的军方已在大选前发布一份宪法补充声明限制总统职权，让人怀疑穆尔西到底能把多少权力握在手中。据悉，穆尔西试图对军方施加压力，促使其更改这一系列决定，为此他同多个革命组织结盟。为维持“这种不稳定的联盟”，穆尔西许诺组建一个“包容性和多元化的政府”，3个副总统职位准备分别给予一名科普特基督徒、一名妇女代表以及革命力量的代表。不仅如此，总统团队中的助手和顾问都将来自穆兄会及其下属政党自由与正义党之外。
有消息称，穆尔西已邀请落选的总统候选人福图赫和萨巴希出任副总统，但他们两人都拒绝了。穆尔西还许诺任命一位能被所有政治力量接受的独立和爱国人士担任总理。埃及《金字塔报》援引一位知情人士的消息透露，国际原子能机构前总干事巴拉迪、前副总理兼财长哈齐姆·贝卜拉维都在新总理的提名之列。不过，巴拉迪已多次表示“不想担任任何政府职务”。观察家称，对于埃及所有政治力量而言，巴拉迪仍然是总理一职的首要人选，他可能尚未被说服。穆尔西竞选阵营表示，如果巴拉迪接受总理职务，自由与正义党和光明党总共只要求拥有3个部，其余的内阁职位都将给技术专家和独立派人士。穆兄会希望得到工业和外贸部以及供应和社会事务部，以便解决天然气和汽油危机、降低食品和商品价格。光明党表示，只要求获得一个服务性部长职位，例如教育、卫生、地方发展或通信部。
美国彭博社认为，穆尔西在未来几天的任务是既要让伊斯兰势力满意，又要满足革命青年团体等其他支持者的愿望，正是后者的支持阻止了沙菲克上台。美国银行经济学家美里尔·林奇说：“现在还不清楚军方将向穆尔西提供多少授权，特别是涉及到国家主权问题上，比如国防、司法和外交问题。”卡塔尔半岛电视台网站26日称，除了艰巨的政治任务，颁布新宪法、使经济重新走上正轨以及处理安全事务将是穆尔西优先考虑的三大问题。
在外交领域，穆尔西也面临挑战。据法新社26日报道，美国谨慎欢迎穆尔西当选埃及总统，但与此同时，一些美国官员称，美埃关系将变得更为复杂和难以预料。美国共和党众议员艾伦·韦斯特批评奥巴马政府放任“穆兄会接管埃及”，他谴责说：“很明显，‘阿拉伯之春’只是一场激进的伊斯兰噩梦。”美国《环球邮报》网站26日称，最为担忧的自然是以色列。以色列中东历史学教授利亚特·波拉特表示，对以埃关系的未来并不乐观，埃及会把同以色列的关系降至冰点。以色列前国防部长警告，西奈半岛将变成“一个地区火药桶”。
外界对穆尔西的执政能力持怀疑态度。美国《纽约时报》26日称，埃及目前处于一片废墟中：经济支柱之一的旅游业下降超过30%，外国投资额剧减90%。作为一个参政经验匮乏的大学教授，穆尔西究竟有多大能力提振埃及经济，值得外界怀疑。这一点也正是穆尔西被许多反对者诟病的“短板”。沙特《利雅得报》称，穆兄会如果不能按民众所愿迅速改善经济生活状况，新政府将遭到民众的“驱逐”。(记者 刘睿 陈一鸣 候涛)
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