作为决策链条上不可或缺的关键一环，美军十分重视智库在塑造军队、设计战争中的作用。五角大楼的每一次军事创新、重大转型和战争筹划，背后都有智库的影子。智库被美国看作国防政策的总设计师、军事活动的总策划。
军民结合，众多智库为美军“支招”
智库，通常是指“独立的、非盈利的政策研究机构”。在美国，智库被称为增长最快、最为兴盛的一种“服务业”。据统计，全美大大小小的智库共有1815家。其中，能够影响美国军事政策的主要是军方智库和排名比较靠前的民间综合战略智库。
目前，经过多年建设和发展，美军已建成分别隶属于最高统帅机关、各军种及联合司令部和院校的三大智库群。
最高统帅机关的智库，主要是国防部和参联会辖下的顾问委员会。如美国国防科技委员会，是国防部进行国防科技研究和认证的机构，被视为对五角大楼影响力最大的军方智库，其政策建议能够直送国防部长。五角大楼有关国防科研发展、武器装备建设和军品采办等重大防务问题决策，往往需要参考他们的建议。
各军种及联合司令部下属的研究机构，主要有陆军研究中心、海军研究署、空军研究所和作战中心等。为了关注亚太战略格局的变化，美军还特意在太平洋司令部设立了美国亚太安全研究中心，专职从事亚太战略问题研究。
利用院校的人才优势，美军军事院校特别是中高级院校一般都设有研究所和各种研究中心，进行相关领域的理论研究。国防大学的国家战略研究所、陆军军事学院的战略领导中心和海军军事学院的海战研究中心，已成为美军进行战略和作战研究的知名智库。
为了保障智库的“独立性”，军方智库虽然隶属军队编制，但其研究人员却主要以卸任政府高官、退役高级将领和文职人员为主。这一方面是因为他们具有丰富的实践经验，能够把握政策研究的方向；另一方面是因为他们已脱离高级别工作岗位，能够承受各种压力，对于需要咨询的问题，往往会仗义执言。
对于军方的决策，民间智库也具有举足轻重的作用。为了满足军事决策咨询需求，五角大楼积极利用一些综合研究能力较强、影响力深厚的民间智库为其出谋划策。
根据2010年宾夕法尼亚大学“智库与公民社会”项目的研究结果，布鲁金斯学会、卡耐基国际和平基金会、美国对外关系委员会、兰德公司等全球排名前十的智库，均把五角大楼看作固定的服务对象，并与其建立了长期、稳定的合作关系。
兰德公司是美国与军方关系最为密切的综合战略智库之一。该智库的基本定位是军队赞助的科学研究和发展中心、理论知识的工厂和智囊团。无论是核战略、国防部重组和军事转型等重大政策，还是朝鲜战争、越南战争和当今的反恐战争，都曾是兰德学者策划已久的研究项目。
美军认为，非军方智库由于与五角大楼不存在隶属关系，不受长官意志的影响，因此，提供的政策建议往往比较客观。
2010年，美国战略与预算评估中心（CSBA）发布了《空海一体战》研究报告。时任参谋长联席会议主席的海军上将迈克尔·马伦称该报告是“打破军种之间、联邦部门之间和国家之间自上而下机构的榜样”。毫无疑问，对“屁股决定脑袋”的军方智库而言，很难提出突破军种壁垒的理论建议。
