据台湾媒体报道，2012选前喧腾一时的宇昌案，特侦组经过9个多月调查，认定蔡英文担任宇昌董事长并非她既有规划，更未将“国发基金”中饱私囊；“经建会前主委”何美玥也查无犯罪事证，全案签结，蔡英文全身而退。
不过，曾担任“政务委员”、“经建会主委”、“国发基金”召集人的胡胜正，后来担任台懋生技董事长，是否违反公务员旋转门条款；以及负责洁生、台懋及宇昌公司登记者是否涉嫌登载不实文书，特侦组发交台北地检署另行侦办。
“国发基金”管理会前副执行秘书何俊辉曾亲自前往蔡英文住所、办公室，就投资宇昌案的计划书版本提供意见，可能涉行政责任，移由“监察院”调查。
特侦组主任陈宏达指出，综观资金流向追查，蔡英文家族投入宇昌公司的都是自有资金，且参与投资的款项均如期、如数汇入公司帐户；宇昌生技公司的资金流向，也没有中饱私囊、非法滥用。
据调查，蔡英文卸任“行政院副院长”后到美国参访生技产业，协助宇昌公司募资，后来由家族事业洁生投资、台懋生技、台懋创投转投资宇昌。宇昌原本希望由“中研院士”何大一担任董事长，但何旅居美国，蔡英文获大股东推举出任董事长。
润泰集团以1亿多元（新台币，下同）的代价买下洁生投资在台懋的股权，扣除成本，蔡家只获利1400多万元。
“国发基金”投资宇昌案的主要推手，是“中研院院长”翁启惠与何大一等人。至于“国发基金”后来不参与南华生技投资案，是因南华生技原拟合作的公司被并购，且南华生技未能对技术来源及投资架构作明确说明；与“国发基金”决定投资宇昌案无关。
