据台湾媒体报道，宇昌案解密，绿营全面反击，台媒从两份极机密文件及一份英文文件，整理出“宇昌六疑点”，并对照绿营回应，以“六问六答”方式呈现，协助读者快速了解宇昌案。
宇昌疑点1：蔡英文事前知否？
蓝营昨天火力集中的焦点，是蔡英文到底在宇昌案扮演何种角色？“立委”林益世指出，绿营指蔡英文事前未涉入、且不能料到卸下“行政院副院长”时间点，但第二份极机密文件却直指蔡英文至少在2007年3月22日，即已知悉TaiMed（台懋蛋白、宇昌生技前身）。
“经建会主委”刘忆如也指称，同年三月31日推动TaiMed成立说明会资料中，蔡英文以“行政院副院长”身份列名主要负责人；随后，同年7月官方文书即见“台懋”。
刘忆如说，同年8月31日蔡英文两封要求“国发基金”拨款信函，先要求拨款台懋、后要求拨至改名后的宇昌，蓝营认为，相关文件指陈历历，蔡英文有必要说明她与TaiMed、台懋、宇昌的关系。
对于国民党指控募资说明会的文件写明生技公司将由蔡英文主导运作，何美玥表示，“完全没有，我以我的人格做保证！”2007年3月30日，她邀请企业界进行说明会，3月31日公开募资说明会，除了请专业人士进行说明之外，并发给投资意愿调查表，当时的说明会文件，内容没有提到蔡英文和蔡家的事，“请指控者把文件拿出来”。
民进党委任律师连元龙反问，投资说明会时，蔡英文的家人有向当局表达要投资吗？当局都有相关资料，请一并公布；国民党执政时也有投资宇昌，“国发基金”也有评估报告，请把民进党和国民党执政时的相关报告对外一并公布，不要切割凌迟蔡英文。
但林益世深夜出示台懋于2007年3月31日在台北市举行的投资说明会资料显示，蔡英文确实与“中研院长”翁启惠、洛克斐勒大学教授何大一和中研院院士陈良博，并列公司“主要负责人”。
资料显示，蔡英文的名字出现在简报第二页及第六页，职称是“行政院副院长”（二○○六至2007）和政大教授，在四人顺位中排名第二，次于翁启惠。
宇昌疑点2：第二份机密公文为何只呈蔡？
蓝营质疑，为何2007年2月9日何美玥舍主管“国发基金”的“经建会主委”、而以“政务委员”身份上了第一份极机密公文给正副“院长”苏贞昌、蔡英文？当时文末注明的是“敬呈‘副院长’、‘院长’，职何美玥谨签”。3月21日的第二份公文仍以极机密上签，却只是在文末“敬呈副院长”，而没有呈“院长”批阅？
何美玥表示，第一份签呈攸关计划决行问题，因此必须要“院长”授权、核定；第二份签呈只是将谈判过程告知“行政院”，并无决定问题，因此只要呈报至“副院长”即可。
陈其迈说，“行政院”在通过决定前，会将公文敬致“院长”、“副院长”，进行核示，因此第一份公文会有两人签名，从公文最后标明“拟同意由翁院长代表进行协商事宜，敬请核示”，便能得知这是需经过“院长”同意才能行使授权的公文。
他指出，第一份文件主旨标明“请鉴核”，代表这是请求核示准或不准的公文，但第二份公文主旨为“请鉴查”，代表这只是告知谈判过程的进度报告，没有核示问题，所以无需上呈至“院长”，这是一般的公文流程。
宇昌疑点3：为何极机密要专签？
对于宇昌案为何要以“极机密”两度上签？蓝营高度质疑是少数人刻意绕过“国发基金”的正常审议程序，及跳过正常公文的签核程序、规避监督。“立委”林沧敏昨天表示，从极机密公文内容来看，根本就没有机密，全案就像钽震案、华扬史威灵案一般，“会发生，都是有人一手包天”。
陈其迈说，宇昌在当时协商时完全保密，这是属于“工作保密”，非“机密保护法”，熟悉行政工作都知道，工作后即可解密；国民党是政治操作，对外混淆视听，“行政院”本来就可解密，无不可告人之处，执政党故弄玄虚，丢出公文流程问题，进行选举操作。
“行政院前法规会主委”陈美伶说，生技领域是划归“经济部”管辖，与“行政院副院长”职权无关，就算列为极机密，就宇昌案而言，不是机密只是一般公务机密，系指公务员承办业务，当政策未确定前或者案子只给某些首长看时会列为密等，等到事情确定，只要经过程序核定后就可以公开，根本没有所谓依据“机密保护法”解密或注销的问题。
对于“极机密”公文是否可不适用“机密保护法”？“法务部廉政署署长”周志荣说“不可能”，自2003年制订起，核列为“极机密”的公文就由该法规范，没有例外。
他说，尽管“行政院”的“文书处理手册”，将公文份为“一般机密”和“机密”，但即使是“一般机密”，只要是列为“极机密”，就必须回归“机密保护法”的适用。
宇昌疑点4：公文为何不见“国发基金”角色？
关于“国发基金”投资宇昌案，国民党“立委”认为程序上的疑点太多。首先，2008年2月9日何美玥第一次上专签之前，从来就没有听闻有类似专案计划送审，“立委”吴清池质疑之前就已有些作为，只是“看不到”。
蓝营“立委”另质疑，何美玥两份极机密公文，都不是以主管“国发基金”的“经建会主委”名义，或是“国发基金”召集人呈签，完全不见“国发基金”的角色。
此外，“立委”林益世也质疑，从呈签机密文件到核可、投资款项拨下来后，也理当有“经建会”或“国发基金”委员会的专业审核意见，因此要求“经建会”提供资料。
何美玥说，2007年4月17日已向“国发基金”管理委员会提出报告，获得同意备查，这个案子已经过当时的“行政院长”苏贞昌在同年2月15日核定，程序上仍要让“国发基金”管理委员会了解。
民进党委任律师连元龙反问，请当局部门公布，这起投资案有无在2007年4月17日前向“国发基金”管理委员会报告？有无决议资料？他呼吁，当局应一并公布当时的资料，“不要不公布资料，又说人家行政程序有瑕疵”。
“经建会前主委”胡胜正说，“政务委员”层级高于“经建会主委”，当然用“政务委员”身份上签“比较好”。胡胜正回忆，他在2007年1月31日接任“金管会主委”，何美玥并没有立即接任遗缺，中间还由当时的“经建会副主委”张景森暂代了两、三周的“主委”；后来何美玥出任“经建会主委”，也不必然要马上接任“国发基金”召集人，因为“国发基金”不是天天有公文，所以可能会出现空窗期。
宇昌疑点5：谈判条件不合 为何还要出资？
蓝营“立委”指出，第一份极机密公文里有须在台湾大量生产等条件，但后来翁启惠却自承“不适合”，当天何美玥即签呈“行政院长”张俊雄核定可以不在台湾量产；第二份极机密公文也指出，代表“行政院”谈判的翁启惠，于谈判时并不顺利，因此何美玥签呈，指翁启惠正与何大一等研商如何提出我方之对案。
蓝营“立委”质疑，既然当初有些设定的投资条件并无法成就，或是因情势变化而无法达成，为何却仍一再投资？
陈其迈说，当时的条件是指“临床实验阶段”并不会在台湾生产，因为不符合经济成本，等到完成临床实验，就会考虑在台湾设厂生产。
“台懋蛋白科技”为何改名为“宇昌生技”？何美玥回应：当初有两家公司，一为“台懋生技创投”，另一家为“台懋蛋白科技”。为避免混淆，才将“台懋蛋白科技”改名为“宇昌生技”。
刘忆如说，2007年8月31日蔡英文两度来函，要求“国发基金”拨款，第一封署名是“台懋蛋白科技股份有限公司筹备处”，第二封改为“宇昌生技股份有限公司筹备处”，但申请拨款的银行帐户没有改变。
宇昌疑点6：为何驳高育仁案？
前“立委”高育仁以同样药物申请了两年，仍遭驳回。“立委”林益世即质疑，机密公文显示“蔡英文准给蔡英文”，为什么却不准早已申请两年的高育仁案？
“立委”洪秀柱询问“经建会主委”刘忆如，高育仁是否以同样的药、申请了两年？两案是否一模一样？是否驳回高育仁同时另一家进场？刘忆如均肯定答复，并指当年是“国发基金”主动，希望有人能够将此正在研发的爱滋新药产制引进台湾；高育仁约在2005、2006年参与，““国发基金”希望他成为主要投资者”，未料却在2007年3月23日被驳回。
何美玥表示，高育仁当时是希望当局投资制造蛋白质药的工厂，要当局投资约17亿元新台币，这个案子在审议委员会就未通过，是不同的案子，“宇昌是研究开发新药，高育仁是生产工厂的案子”。
民进党“立委”蔡煌琅指出，与高育仁合作的Tanox公司在2007年8月将新药让售给Genentech公司，才有后来何大一与Genentech合作的宇昌案；他相信高育仁对此情况心知肚明，国民党不要栽赃，进行政治斗争。
