据台湾《联合晚报》报道，国民党籍民代邱毅12日指，“宇昌案”的第一份公文在当年2月9日由何美玥专签，案子即跳过“国发基金”的程序，由“行政院”项目核定，时任“副院长”蔡英文在2月11日签，2月15日再由“行政院长”苏贞昌签。
第二份公文在3月21日就由何美玥直接签呈给蔡英文，蔡英文则在3/22签名，这时候台懋公司就有了，很明显的蔡英文是用“行政院副院长”的权利，加上何美玥配合，达到滥权自肥的目的，同党“立委”吴清池更认为，“监察院”应该也要介入调查。
据此前报道，根据解密文件，Genentech公司希望在台寻找合作对象合组公司进行anti-CD4的第三期临床实验，文件授权时任台湾“中研院院长”的翁启惠谈判，如果Genentech愿把新公司和大量生产的工厂设在台湾，开发基金可以在2000万美元范围内投资，签名的包括时任“行政院政务委员”的何美玥、“行政院副院长”蔡英文以及“行政院院长”苏贞昌。
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