面对南海局势的新变化、新形势，海峡两岸需要突破政治僵局，站在整个中国与全民族的高度，加强在南海问题上的合作，共同维护中国的南海主权与权益，共同维护中华民族的共同利益。
第一，海峡两岸需要继续共同强化中国对南海主权的话语权，增进两岸的海洋维权共识。“主权在我”或中华民族拥有南海主权，是海峡两岸的基本共识。海峡两岸在处理南海争端问题上，要继续坚定坚持与强化中国或海峡两岸对南海主权的认知。在此基础上，树立海峡两岸有责任、有义务共同维护南海主权的思想与意识，为海峡两岸未来以实际行动维护南海主权与权益创造必要的条件。
第二，海峡两岸在共同维护南海主权与权益问题上可分步聚、分层次与分部门展开合作。首先是继续扩大两岸民间学术与智库机构在南海合作问题上的交流，形成海峡两岸民间共同维护南海主权与权益的广泛社会舆论与氛围。其次，海峡两岸的渔业、海洋、能源、旅游等不同部门可分别展开本领域的南海合作。再次，推动海协会与海基会共同成立南海问题工作小组，作为一个长期性的南海合作机制。最后，将南海合作议题纳入海协会与海基会的两会协商，选择适当时机签署海峡两岸南海合作协议，具体内容与细节由海峡两岸共同协商决定。海峡两岸可考虑与筹划，共同研究与制定合作开发南海资源的长期发展大战略，并作为未来中华民族复兴的百年大计。
第三，海峡两岸在南海合作策略上要处理好维护主权与争取经济利益的关系。海峡两岸在共同维护中国南海主权这一基本原则下，在目前两岸军事合作与军事协防无法推动的情况下，可进行功能性、事务性、经济性的合作，重点放在通航与航运安全、气象监测、生态环境保护、渔业捕捞、海洋资源开发尤其是油气田开发以及南海旅游等方面。其重中之重则是海峡两岸加强南海油气资源合作开发、南海旅游合作与渔业捕捞合作以及共同护渔、护航，既可彰显中国主权，又能获得经济利益。在两岸政治关系有所改善与条件成熟后，海峡两岸再推动在南海的军事合作与军事协防问题，用军事力量维护中国的南海主权与权益。
第四，将南海协防合作作为建立两岸军事互信机制的突破口。建立两岸军事安全互信机制已成为海峡两岸共同关注与讨论的重要问题，但一直受制于两岸的政治现实没有实质性进展。由于南海问题日益突出，成为海峡两岸的共同挑战与迫切需要解决的重要问题，海峡两岸可就南海的军事协防与军事合作问题进行讨论与协商，甚至签署专门性的合作协议。南海相关国家甚至美日等也最害怕两岸在南海问题上的合作。台“国安局长”蔡得胜在“立法院”报告时表示，包括菲律宾、印度尼西亚、越南等周边国家官员不管在公开或私下，都一再要求台湾不要跟大陆联手。如果海峡两岸在南海问题上实现军事合作，必会形成一个巨大的“合力”，会对相关国家侵占南海主权与权益形成强大威慑力量，有助于维护中国的主权与疆海。特别是在条件成熟时，海峡两岸应共同建设与维护太平岛，将太平岛作为两岸军事合作的试点与维护中国南海主权的军事基地。
第五，海峡两岸需要妥善解决台湾在南海的地位与角色问题以及台湾参与《南海各方行为宣言》问题。台湾是南海问题直接相关的“五国六方”（或“六国七方”）之一的“一方”，但因台湾不是主权国家，只是一个经济体或政治实体，尽管一直宣称“中华民国”拥有南海主权，但却因两岸关系的特殊性与政治对抗性未能直接参与到《南海各方行为宣言》的讨论与协商之中，被排除在外，被边缘化。要在南海问题上合作，要发挥台湾的独特作用，尤其是利用南海最大岛太平岛的功能，需要率先协调与讨论台湾在南海问题上的角色。这又涉及台湾参与国际空间问题，需要大陆全盘考虑，不妨以更开放的姿态，在一个中国的框架下让台湾合理参与南海争端处理机制，共同维护两岸利益或中华民族利益。
另外，大陆首先亟待制定明确、详细的《南海政策纲领》，建立中央统一的南海顶层设计与政策协调机制，建构“南海管理体系”，同时为两岸南海合作预留准备。
当然，海峡两岸南海合作 “知易行难”。海峡两岸南海合作意义重大，影响深远，具有很强的现实性、迫切性，并有学界的主张建议与设想，但要将这种设想变为现实，真正实现两岸南海合作，仍然非常困难。只要海峡两岸政治对抗与政治对立依旧存在，只要海峡两岸没有和平统一与维护整个中华民族利益的基本共识，两岸在南海问题上的合作就非常困难，中华民族的利益就会受到损害，中华民族的历史悲剧就会继续。因此，只有海峡两岸在南海问题上切实加强合作，既符合台湾的利益，也符合大陆的利益，也才能维护中华民族的整体共同利益。
