“阿基诺总统不会亲自就菲地方机构射杀台湾渔民事件向台当局领导人致歉，菲政府也不会重新考虑此前做出的拒绝就此进行菲台联合调查的决定。”针对台方的联合调查呼吁，《马尼拉公报》20日援引菲总统府副发言人瓦尔特的话如此回应。在被问到阿基诺三世在菲方此前道歉被拒后是否计划与台湾当局领导人交流并澄清射杀渔民事件时瓦尔特表示：“总统此前已派出个人代表传达了信息。”报道称，阿基诺政府接到的咨询意见认为，针对台方对菲射杀台湾渔民持强硬立场引发菲台外交纠纷，菲方应以“严格遵守一中政策回应台方”。
台湾今日新闻网20日称，台“外交部长”林永乐表示，菲律宾已经提出来台调查的书面申请，并且也同意台方派团前往调查，接下来的具体调查内容、议题和司法合作项目，将会由双方的司法部门协商。台湾《联合报》称，菲律宾最快将于21日派调查小组到台湾调查“广大兴28”号渔船遇袭事件。但台“外交部”表示，双方要达成书面协议才会启动调查，以免在只有口头承诺的情况下又发生不配合的问题，菲律宾方面“不是说来就来”。
“菲台双方是在进行‘平行调查’，而不是进行‘联合调查’。”《菲律宾每日问询者报》20日援引菲司法部长德利马的话做出这一澄清。这篇题为“菲司法部长批评台湾‘谋杀论’”的报道还称，德利马周一对台湾调查人员做出菲海警谋杀台湾渔民的结论提出质疑。他说：“这是不成熟的结论。我们还在调查所有证据时，怎么能这么说呢？我们既不能肯定也不能否定谋杀，因为现在还没有结论。”
“无法联合调查，菲船真相难明”，台湾《联合报》20日以此为题说，台湾司法调查团此前赴菲调查台渔船遭枪击案受阻，无功而返。菲方对共同调查的说法前后不一；对于厘清命案真相的态度闪躲敷衍，反映了菲国政府的治理问题。从公共治理角度看，菲律宾本质上就不是文明国家。菲律宾治安不佳，对人命价值毫不在乎，一场中期选举就有50多人丧生，菲律宾政府与社会也不重视。而菲律宾海巡人员在台湾渔民的眼中，就是有牌的海盗。菲律宾不与台湾展开联合调查，而是展开“平行调查”，但不能询问涉及这起事件的菲律宾海岸防卫队及渔业局人员。如此将造成菲国海防人员集体串供，导致台菲各执一词，真相将难有水落石出的一天。
除了调查上的较劲，舆论战也是台当局工作的重点。“中央社”20日称，为了让国际了解台菲近期纠纷真相，台“驻外使领馆”全面启动宣传机制，包括媒体投书、刊登广告、向当地政界说明等，期盼能让国际了解菲律宾恶行，为台湾渔民争取权益。台湾今日新闻网称，台进入文宣战，“外交部”官员蒋昌成20日表示，目前正在印制英文折页宣传文件，未来准备放置在机场、“驻外使领馆”等，希望向全世界表达台方立场与诉求。
