从稀土开采到最终应用大概可分为几个环节：选矿-分离-深加工-应用。一般意义上的深加工是指“深加工到应用”的环节，也有一些观点将“分离”技术中的高端提纯和回收应用也归纳到深加工环节。
选矿和分离环节是造成污染最大的环节。
目前开采主要采用原地浸矿法，即直接从山上钻孔，将化学药剂通过孔灌入山体，再将稀土从山体中提取出来。虽然这样可以保护地表40%～60%的植被，产生的尾砂也很少，但仍是两三米挖一个洞，有毒溶液长期残留地下，对地下的污染程度更深，时间更长。
冶炼分离环节对环境也有很大的污染和破坏。据测算，生产1吨稀土氧化物要消耗7吨左右的强酸，稀土行业每年产生的废水量达2000多万吨，其中氨氮含量300mg/L～5000mg/L，超出标准十几倍至上百倍。
据业内人士介绍，稀土行业真正具有高附加值的链条是终端产品，大量稀土粗级产品出口国外，一定程度上也是把稀土资源的效益留在了国外，但是，环保的高昂代价却要由国内来承担。
据赣州市委书记史文清近期透露，赣州累计开采稀土25万吨，占全国的70%。稀土开采留下了大片废弃矿山及环境污染，大致估算，赣州治理稀土开采所带来的污染需要投入380亿元来治理。
380亿元的治污费用，是江西省稀土行业2010-2011两年总利润的四倍多。在2009年前，我国稀土行业一直利润微薄，直到2010年稀土价格大涨，稀土行业才开始挣钱。这也意味着，整个江西稀土企业几十年的利润，都远远填补不了380亿这个巨大的治污黑洞。
中国稀土再丰富，终究还是一个不可再生的资源。加大力度研发稀土的深加工技术，将稀土资源加工成终端产品以后再卖出去，才是真正把资源变成了中国的。
我国的稀土氧化物年产量长期占全球总产量80%以上。与国土资源部每年发布的指令性生产指标相比，每年超额开采量均超出指令性生产指标的50%以上，乱挖滥采现象十分严重。由于过度开采，盲目竞争，稀土出口一度卖成了“白菜价”。在过去10多年里，我国站在稀土资源的最上端，但没有取得稀土的定价权。2005年，中国稀土年出口量比1990年涨了9倍，但价格却下降了55%以上。
由于中国稀土价格低廉，很多国家停止了本国稀土的开采，建立起战略资源储备制度，转而从中国大量进口。美国、俄罗斯、澳大利亚的稀土储量分别占世界的13%、19%和3.6%，但其产量却均为零。日本也是中国稀土“贱卖”的直接受益者之一，有报道称，日本所用稀土资源的87%来自中国。
目前国家已开始意识到这一问题，在工信部近期出台的《新材料科技“十二五”发展规划》特别提出，要以提高稀土新材料性能、扩大高端领域应用、增加产品附加值为重点，充分发挥我国稀土资源优势，壮大稀土新材料产业规模。
