湄洲妈祖庙春秋两祭时的摆盘方式，有部分是向台湾学习的。
据台湾《旺报》报道，两岸妈祖信仰交流，曾带给湄洲人很大的文化冲击。一位福建省官员回忆说，1996年，当他们第一次看到台湾人把富丽堂皇的神轿扛到大陆时，都吓坏了。
因为很多大陆民众没看过那么华丽的神轿，神轿周边还装饰发亮的霓虹灯；再加上从前上湄洲岛看潮汐，得选在退潮时靠岸，再把大轿子扛上码头，不仅累人还很危险。有一年，大雨滂沱又逢大退潮，“台湾人还是把神轿完整无缺地扛进祖庙”，让大陆信徒佩服不已。
湄洲妈祖庙董事长林金榜表示，现在祖庙的祭典礼仪是找专家学者依古籍资料重建，民俗阵头跟祭拜方式很多是从台湾学习的；妈祖海宴的摆菜跟台湾学一部分，再加上大陆的创新组成。对于湄洲妈祖庙，不论是资金或祭典科仪，台湾人都有不小的贡献。
