根据12日公布的国家发展和改革委员会等部门文件，为确保基本药物制度顺利实施，促进基层医疗卫生机构建立新的运行机制和持续健康发展，我国将用2年左右时间全面完成基层医疗卫生机构长期债务的清理化解工作。
根据中国政府网公布的发展改革委、财政部和卫生部制定的《关于清理化解基层医疗卫生机构债务意见的通知》，随着基本药物制度在基层全面实施，“以药补医”机制逐步扭转，基层医疗卫生机构以往形成的债务问题进一步显现，影响到基层医疗卫生机构正常运行。
根据深化医药卫生体制改革和清理化解乡村债务工作的有关要求，各省（区、市）要按照“制止新债、锁定旧债、明确责任、分类处理、逐步化解”的总体要求，在严格制止发生新债的基础上，用2年左右时间全面完成基层医疗卫生机构长期债务的清理化解工作。
卫生部全国卫生财务年报数据显示，截止到2010年底，乡镇卫生院和社区卫生服务机构长期负债分别为55亿元和3.5亿元。
《通知》确定了清理化解基层医疗卫生机构债务的基本原则，即谁举债谁负责，先清理后化解，先承诺后补助，要求各 省（区、市）人民政府对本省（区、市）基层医疗卫生机构债务清理化解工作负总责，县级人民政府具体实施。中央财政按照重点支持中西部地区、适当兼顾东部地区的原则，对地方债务清理化解予以适当补助。
《通知》要求在全面摸清基层医疗卫生机构债务底数的基础上锁定债务，由各地结合实际情况确定化债的先后顺序，逐步化解。
《通知》还就债务化解范围、偿债资金来源等问题作了规定，并要求今年年底前完成债务认定工作，将认定的债务从基层医疗卫生机构剥离给当地政府；当地政府要按债务协议，如期偿还结清各项债务。
《通知》指出，对违反规定搞建设、上项目、借新债的基层医疗卫生机构和部门，视情节轻重和数额大小，依法依规追究有关单位负责人和相关人员的行政责任。对虚报冒领、截留挪用、套取补助资金及造成资金损失的，除追回补助资金外，还要按照有关规定追究直接责任人和有关负责人的责任；涉嫌违法犯罪的，移交司法机关处理。
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