2009年H1N1甲型流感席卷全球。5月20日，台湾“流行疫情指挥中心”宣布出现首例甲型H1N1流感确定病例。随后在八、九月间，台湾H1N1甲型流感感染人数暴增至数万人，一度引发民众的恐慌。11月1日，台卫生主管部门率先开始给“八八水灾”的受灾民众接种H1N1甲型流感疫苗，此后，又陆续在台湾的中小学校及公务人员中施打疫苗，到12月中旬，台湾H1N1甲型流感疫苗接种人次已经超过370万。