2009年10月23日，台卫生主管部门宣布放宽美国牛肉进口，根据台美双方在华盛顿签署的“美国牛肉输台议定书”，输台的美国牛肉为30月龄以下带骨牛肉、绞肉、加工肉品。此举在岛内引发强烈争议，不仅民进党大加挞伐，提出重新开启与美国的牛肉谈判、并试图发起所谓“公投”联署，一些蓝营执政的县市也发起组成“拒吃美国牛内脏绞肉脊髓联盟”。而当局在美国牛肉具体进口部位上的说辞反复，前后标准不一，更让马团队继“八八水灾”之后，再次遭遇信任危机。
