2009年4月26日，第三次两岸两会领导人会谈在南京举行，签署《海峡两岸金融合作协议》、《海峡两岸空运补充协议》、《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》等3项协议，就大陆资本赴台投资达成共识。12月22日，第四次两岸两会领导人会谈在台湾台中市举行，就两岸渔船船员劳务合作、两岸农产品检疫检验合作及两岸标准计量检验认证合作等议题签署协议。此外会谈还确定了第五次会谈将于2010年上半年在大陆举行。除商签两岸经济合作框架协议外，双方同意将两岸知识产权保护列入商谈议题。