台湾“八八水灾”灾情惨重，引发民怨，严重冲击了马英九及其团队的政治声望。而以刘兆玄为首的行政团队更被批评救灾不力，引发改组声浪。2009年9月7日，台行政机构负责人刘兆玄宣布请辞获准，表示“八八水灾”死亡、失踪人数超过700多人，他要概括承担起其中的政治责任。9月10日，刘兆玄率领行政团队总辞。同一天，以吴敦义为负责人、朱立伦为副职负责人的台湾新一届行政团队宣誓就职。这是马英九上任以来，台当局最大的一次人事变动。