据台湾《中国时报》报道，余连发除涉嫌“炒股案”，还涉及是否据实申报财产等事宜，其在台当局“军情局长”任内有关“印刷厂卖地转民营案”，及宪兵司令任内的情报经费运用，均在调查中。

　　关于“炒股案”，余连发声称系其妻子个人行为，他并不知情；不过，台军方认为，余连发能一下拿出七、八百万元，买下特定的钢铁股票，这样的财力，非军人能力所及，且余连发在财产申报中，亦未据实申报。

　　报道说，余连发涉炒股事件以及发生财产申报问题后，陈水扁相当震惊，并对台军方高层表示“我还能信任谁？”对其一手提拔照顾的将领，发生如此争议之事，无奈和失望之情，溢于言表。

　　据报道，余连发曾向台当局防务主管部门负责人李杰表示，他怀疑该案是台军方内部有人整他；由于余连发为陈水扁一手所提拔，李杰不好说什么，亦未多做表示。（郭强）