船舶

　　金门有料罗与水头两商港，水头商港同时为小三通指定港口，与厦门东渡码头及厦门五通码头间有定期航线，亦为烈屿乡（小金门）与金门本岛间定期航线对口。2006年6月8日另辟与泉州石井港的航线，成为第三条小三通航线。

　　小金门的九宫码头及大金门的水头码头之间每天从早到晚每半小时各有两艘渡轮来回，每次搭乘需付全票48元新台币，半票24元新台币，船只可载运机车或脚踏车等小型车辆，每次载运机车需付40元新台币或脚踏车等小型车辆20元新台币(拥有户籍的岛民，台当局有补助)。

　　乌丘乡原属莆田县，与本岛间并无直接航班，仅有台中港有航次连络。

　　航空

　　对外交通空运为主，尚义机场为该县对外交通的重要枢纽，目前有往台北、台中、嘉义、台南、高雄各航线。

　　早期金门的对外航空交通只有搭乘当时军用运输机。直到1987年9月远东航空公司开始飞航金门至台北航线，开启台金民航航线。后来陆续有复兴航空、马公航空(被长荣航空收购后改名为立荣航空）、华信航空等航空公司经营台金航线。

　　公路

　　金门无客运铁道，仅有盐场搬运用铁路（已消失）。岛内倚赖公路，岛际则为水路。其中最主要一条为贯穿金门本岛中部的中央公路(又名伯玉路)，另有环岛北路、环岛西路、环岛南路、环岛东路等主要公路。

　　在军队的管理之下，金门道路密度为台澎金马地区各县市之冠。联络大小金门岛的金门大桥已讨论多年，但因金门地区的材料取得不易，加上金门无大型营造商，迄今仍未动工，因此被当地居民戏称为一座“选举浮桥”。

　　金门地区的居民于搭乘地区公共车船时，可持金门县公共车船管理处发行的金门交通卡，在上下车船时于电子感应器前感应刷卡，即可免费搭乘。搭乘地区公共运输船需另付保险费用。其交通费用由金门县议会拨款补助。