对外交通

　　海路方面，有台马轮(计有550席位)或合富轮(为军租船保留一般民众50席位)从南竿的福澳港以及东引的中柱港通往台湾基隆港，由基隆开往马祖方向时，原则上当月份单号先开往南竿（约次日早上七时到达）再转往东引，当月份双号先开往东引（约次日早上六时到达）再转往南竿，每周一为台马轮公休日不开航，如风浪太大有可能停航。此外还有金龙轮与闽珠贰号通过小三通每周一至五在南竿的福澳港与福州的马尾港之间通行。

　　空中方面，南竿机场（北纬26°09’02" 东经119°57’13"）位于南竿岛东侧，机场设施包括航站大楼、塔台、长1580公尺宽30公尺的主跑道及一座直升机坪，于2003年1月23日启用，可供DH8-300、200及福客50等型客机起降，起降受限能见度5000公尺、云高1500尺，目前无法夜航。北竿机场（北纬26°13’31" 东经120°00’00"）位于北竿岛东侧，于1994年1月17日启用，跑道长1120公尺，可飞航DASH-8-300型50多人座客机，起降受限能见度3200公尺、云高1300尺。目前只有立荣航空在经营马祖至台湾航线，现有南竿－台北、南竿－台中、北竿－台北航线。

　　离岛交通

　　马祖列岛各岛间以交通船、当地俗称"小白船"联系，其中重要的港口有南竿的福澳港。