妈祖出巡历来都是陆上绕境，但澎湖四面环海，岛屿罗列，居民捕鱼维生者占80%以上，妈祖理应出巡海域才对。澎湖首开台闽地区妈祖海上出巡之先例。妈祖出海巡境祈安建醮活动分4天进行，由天后宫管委会召集，于每年农历3月7~10日举行。3月7日凌晨，马公港码头显得异常光鲜，平日斑剥黯淡的渔船一夕间粉墨登场，整齐罗列在岸边恭候着。另一边的天后宫在各地神明的坐镇陪观下，先举行“小法祭江”，由年少小法师们在资深法师的指导助威下，施法请神明调兵遣将，为即将移驾出巡的妈祖先行镇煞驱邪和清净江道。仪式后，妈祖神位开始移驾，沿途先行的“报马子”急急奔走通告，虔诚信徒纷纷动身净街。妈祖銮轿在各方信徒的簇拥下，浩浩荡荡地来到码头，码头一旁早摆上香案，县长与各级官员恭候多时，上午10点，在献香、敬果、献酒后，龙、狮阵头齐舞，妈祖正式移銮登船。船长盛装立于机舱，不亢不卑，双目炯炯有神，10点10分请令后，钟鼓齐鸣，鞭炮齐放，妈祖正式启驾巡航。出巡船队沿着内海航行，沿岸各村居民一致跪地膜拜，巡航途中，如突降瑞雨，便是澎湖人所谓的“妈祖显灵”，今年必是个太平年。妈祖出巡的路线会视海上天候状况来决定，一般的行程是第一天从马公出发至赤坎，第二天返回马公，第三天至望安，第四天回到马公，再继续陆上巡境。