南投的宗教信仰，除原住民的原始宗教信仰外，均系自大陆及荷兰、西班牙、英国、日本等地传入的宗教。是以宗教信仰大致可分为传统宗教、新兴宗教、民间信仰三种。

　　一、传统宗教：

　　(一)原住民宗教：宗教思想极为原始，认为神力掌握人之凶吉祸福，乃对神祭祀祈祷，信仰颇深，修持咒术，而各族共通的信仰在于崇拜祖先，其祭祀祈祷的对象，各族并不一致。日人治理原住民，极其严酷，故原始宗教渐渐没落，又因基督、天主教的传入，致原住民宗教已无法复苏，甚至濒临绝迹。

　　(二)道教：清初至乾隆间传入竹山、南投、草屯，为道教庙宇的先驱，一般祭祀以各主神的诞日为主，举行祈安三献酬神、梨园演戏庆祝、出巡游境等活动。近年来，由于经济富裕，宗教活动频繁，普遍香火鼎盛，亦有迈向观光及企业化经营及前往大陆谒祖进香的情形。

　　(三)佛教：清朝时，临济、曹洞二宗派，随垦民传入南投，乾隆十七年，观恩大和尚首创碧山岩寺，迩后各地陆续兴建佛寺（堂），其奉祀以观世音菩萨居首，次为释迦牟尼佛。以先天派、龙华派、黄教派居多。

　　(四)天主教：日据时期，由罗多利格士传入竹山，原以平地传教为主，光复后始传入山地乡。其教会在平地乡镇市计有十六所，山地乡二十八所。

　　(五)基督教：清同治十年由荷兰人传入埔里平埔族地区，初在埔里乌牛栏，其次再传大湳、牛眠二部落及北门等，设立埔里教会。日人据台后，始发展至平地乡镇，惟基督教教派甚多，平地地区十七所教会中，教派竟达十种，山地地区属于长老教会的七种教派。

　　二、新兴宗教：

　　(一)轩辕教：仅有寺庙一所，建于1974年，位在国姓乡，曰泰华宫，记名信徒九十五人。
　
　　(二)一贯道：一贯道由于早期受到查禁，何时传入南投，已无法查考，惟于查禁之前早已遍及平地乡镇。大多以吃菜（素食）名义招揽信徒，以家庭式佛坛传其道。已完成寺庙登记的有草屯镇南赡灵隐寺（发一组崇德），名间乡明本宫（宝光组明本），中寮乡明善寺（发一组崇德），竹山镇德化宫等。

　　三、民间信仰：

　　明清以来，南投县的民间信仰多是随俗而起，当时闽粤移民来台日众，远涉台海，攸关生命安全，端赖神佛保佑，于是神随人行，形影不离。凡是驻垦之处，便有崇拜携带的神明或香火，其膜拜神佛，上自天公、三界公，下至地方诸神，如妈祖、关圣帝君、城隍、福德、开台圣王、开漳圣王、辅信将军、三山国王、惭愧祖师、王爷，稍后亦并祀地方开拓有功者，及无主之大众爷、褒忠之义民爷、石头公、大树公等不一而足。此等信仰，不外与传统的巫觋、卜筮、巫术相结合，渐渐形成神明会、神坛等，及发展为纯寺庙形态的宗教活动。另外斋教的先天派及龙华派，也与民俗信仰有缘不可分的关系，俗信其中亦难免有秘密结社趁机而入。其信仰于今均属道佛两教的范畴。