5月20日上午9点，马英九、萧万长正式在台北宣誓就任台湾地区第十二任正副领导人。马英九当日上午11时，在台北“小巨蛋”体育馆发表就职演说，强调要在“九二共识”的基础下，尽早恢复两岸协商。
马英九上任后，遏止了台湾岛内的急“独”势力，两岸关系也出现了积极的发展势头。2005年“连胡会”五项愿景得以推动、逐步实现，从此，李登辉“戒急用忍”、陈水扁当局“锁国”时代正式走入历史。
马英九当选之前曾表示当两岸以“九二共识”为基础后，大家什么都可以谈。
马英九就职前接受台媒专访表示，如果未来当选并获连任，将以“九二共识”为基础，与中国大陆就经济、安全与和平及国际空间三大议题展开谈判。
马英九：若当选将在九二共识下与大陆谈三议题
4月18日，马英九接受香港媒体访问时表示，当前急务是推动海峡两岸民间更多的交流，并建立两岸制度化的协商渠道。当两岸以“九二共识”为基础后，大家什么都可以谈。
马英九再重申：“九二共识”基础上什么都可以谈
在就职演说时，马英九表示支持“九二共识”、积极推动两岸“三通”和“直航”，并承认“两岸和解是必走之路”。马英九说“我们今后将继续在‘九二共识’的基础上，尽早恢复协商，并秉持4月12日在博鳌论坛提出的‘正视现实，开创未来；搁置争议，追求双赢’，寻求共同利益的平衡点。”
作为中国国民党方面进一步有别于陈水扁的做法，马英九还特别提到中共中央总书记胡锦涛关于两岸关系的谈话，分别是3月26日同美国总统布什谈到“九二共识”，4月12日在博鳌论坛提出“四个继续”、以及4月29日在会见中国国民党荣誉主席连战时提出的“建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢”。马英九表示，两岸人民同属中华民族，因此，“两岸无论在台湾海峡或国际社会，都应该和解休兵。”
台湾地区领导人马英九昨天在“ 2008年全球招商大会”开幕式致辞表示，台湾新当局努力建立和谐社会，与大陆和平互动，台湾有能力，也有信心重振经济活力。
马英九：台湾努力建立和谐社会 与大陆和平互动
马英九11月15日表示，台当局正致力改善两岸关系，两岸气氛已朝和平稳定发展。两岸关系的改善，不仅对台海双边有利，对亚太区域安全也有帮助。
马英九：台海不再是东亚火药库 呈现和平趋势
马英九：两岸人民同属中华民族 和解为和平奠基础
12月11日，马英九在台北接受华盛顿邮报专访时，对自己上任不到7个月来两岸关系改善情形表示欣慰。马英九表示，希望未来善意越来越多，恶意越来越少。两岸只要继续加强建立互信的气氛，许多事情都可能发生。台湾可以与大陆做朋友。
马英九：欣慰两岸关系改善 与大陆做朋友符合台湾利益
“两国论”时代将结束，对话时代将开启
