根据海峡两岸关系协会与台湾海峡交流基金会签署的安排如下：

　　一、时段：周末包机时段为每周五至下周一计四个全天。自七月四日起正式开始实施。

　　二、航点：大陆方面同意先行开放北京、上海（浦东）、广州、厦门、南京五个航点，并陆续开放成都、重庆、杭州、大连、桂林、深圳，以及其他有市场需求的航点。台湾方面同意开放桃园、高雄小港、台中清泉岗、台北松山、澎湖马公、花莲、金门、台东等八个航点。

　　三、班次：双方同意在周末包机初期阶段，每周各飞十八个往返班次，共三十六个往返班次。根据市场需求等因素适时增加班次。

　　每周台湾方面至上海（浦东）的班次不超过九个往返班次；大陆方面至台中清泉岗的班次不超过六个往返班次。

　　四、搭载对象：双方同意凡持有效旅行证件往返两岸的旅客均可搭乘客运包机。

　　五、飞行航路：双方同意尽快协商开通两岸直达航路和建立双方空管方面的直接交接程序。在直达航路开通前，包机航路得暂时绕经香港飞行（航）情报区。

　　首次周末包机于7月4日启动，4日当天，共有18班包机往返两岸，大陆航空公司分别由北京、上海（浦东）、广州、厦门和南京5个首批开放航点往返台北桃园和松山两个机场，台湾公司则由台北、台中、高雄、花莲、澎湖5城市飞往北京、上海、广州、厦门。

　　两岸公司首月包机计划均已排定，共计144个往返班次，从两岸机场来看，抵离北京27班、上海70班、广州31班、厦门12班，新开的南京航点也将有4班飞行；台北桃园机场56班、台北松山机场77班、高雄、台中、澎湖、花莲机场各有不超过5班的包机抵离。

　　首月包机的航线班期集中在周五和周日，分别有67班和40班往返，周日和周一则分别有19班和18班包机飞行。