2006年7月19日至8月11日 ，首次两岸货运包机。

　　包机方式：航线与此前两岸春节客运包机的航线一致。全货机从台湾桃园机场起飞，不经第三地中转便抵达上海浦东国际机场，但仍需绕道飞经香港航管区上空。

　　搭乘对象：主要是台积电上海松江厂所需的八寸晶圆生产线的相关设备。

　　航班/班次：共5个航班

　　两岸航点：上海与台北

　　2006年9月29日至10月8日，首次两岸中秋包机。

　　包机方式： 两岸各6家航空公司共同参与，其它事项均比照2006年两岸春节包机做法办理。

　　搭乘对象：所有持合法、有效证件往来两岸的台湾居民及其台商眷属。

　　航班/班次： 12个往返班次，双方共计24班。

　　两岸航点：北京、上海、厦门、广州与台北、高雄