《海峡两岸关系协会章程》规定，海协会以促进海峡两岸交往，发展两岸关系，实现祖国和平统一为宗旨。为实现上述宗旨，海协会致力于加强同赞成该会宗旨的社会团体和各界人士的联系与合作；协助有关方面促进海峡两岸各项交往与交流；协助有关方面处理海峡两岸同胞交往中的问题，维护两岸同胞的正当权益。海协会还可接受有关方面委托，与台湾有关部门和授权团体、人士商谈海峡两岸交往中的有关问题，并可签订协议性文件。

    理事会为海协会最高权力机构。上海市原市长汪道涵１９９１年１２月当选为海协会首任会长。２００５年１２月汪道涵逝世后，海协会会长一直悬缺。在３日召开的海协会第二届理事会第一次会议上，国务院台办原主任陈云林当选为新任会长。

    １９９２年，海协会与海基会在香港就两岸事务性商谈中如何表述坚持一个中国原则的问题进行讨论，后来形成“九二共识”，为海协会和海基会的商谈奠定了基础。

    １９９３年４月，海协会会长汪道涵和海基会董事长辜振甫在新加坡举行会谈，这是自１９４９年以来两岸高层人士首次以民间名义进行的公开会晤。这次会晤建立了两岸制度化协商的机制，标志着两岸关系迈出了历史性的重要一步。“汪辜会谈”签署了《汪辜会谈共同协议》等４项协议，推动了两岸经贸往来和民间交流的发展。此后，双方又举行了２０多次不同层级的商谈以及１９９８年在上海举行的“汪辜会晤”。这一期间两会协商取得的成果，受到了两岸同胞的欢迎和国际社会的肯定。

    １９９９年李登辉抛出“两国论”后，两会商谈被迫中断。