“中山舰事件”发生之前，周恩来在黄埔军校和国民革命军第一军的地位非同一般，由他执掌的政治部和教练部、教育部并称为黄埔“三大支柱”，并担任第一军副党代表兼政治部主任。 

　　但是，周恩来视党的利益高于一切，党性、原则性非常之强，绝不轻易拿其做交易。东征期间，蒋介石曾专门询问过中共在黄埔的情形，希望交出中共党员名单。当时，蒋介石正处于上升发展趋势，又是顶头上司，但周恩来的态度仍然不卑不亢，丝毫没有半点犹豫和回旋： 

　　“此事关系两党，须请示中央才能决定。” 

　　碰了钉子的蒋介石一脸悻悻然，把此事狠狠地记在了心里，同时也领教了共产党人威武不能屈、富贵不能淫的高风亮节。“中山舰事件”发生后，蒋介石便趁机对周恩来采取了一连串的打击行动和防范措施。 

　　事件发生第二天，周恩来从包惠僧那里得知了消息，当即赶到蒋介石的临时指挥所——造币厂去询问详情。到了那里，作为一名高级军官，他却受到了极其粗暴的待遇，带去的四个卫兵都被缴了械，他本人遭到软禁。蒋介石信口雌黄，一口咬定中山舰事件乃是一起针对他个人的“阴谋”。在不明真相的情况下，周恩来保持了克制，但强烈要求蒋介石释放所有被监禁的共产党员。他十分坚定地保证，不管“中山舰事件”真相如何，但有一点可以肯定，那就是与中共无关。 

　　形势愈来愈复杂，蒋介石向中共提出了十分苛刻的要求，所有共产党员要退出第一军：不退出的要交出名单。 

　　“蒋介石欺人太甚！”中共广东区委负责人陈延年脸色十分严峻地说，他坚决主张对蒋介石展开有力反击。 

　　周恩来非常支持陈延年的建议，他认为要对蒋介石的反动行为保持高度警惕，不能掉以轻心，目前的情况是，国民革命军六个军中，只有第一军是由蒋介石亲自指挥的。而在第一军的三个师中，有两个师的党代表是共产党员，九个团的党代表，中共占了七位。另外，还有金佛庄、郭俊两名共产党员任团长职务，直接拥有军队指挥权；营以下各级军官和部队中的共产党员也不少，且都是军中骨干力量。至于同情革命的左派势力就更大了。更何况第一军又是以黄埔教导团为基干扩编而成的，只要态度坚决，反击得当，是完全可以与蒋介石一较雌雄的。 

　　然而，周恩来等人的正确建议，最终遭到了陈独秀的否定。在当时右倾路线占上风的中央领导班子的影响下，采取了妥协退让的政策，失去了与蒋介石武装抗衡的有利时机。就这样，250余名公开暴露身份的共产党员被迫退出第一军和黄埔军校，周恩来也被免去第一军副党代表和政治部主任的职务。陈延年因为这件事，气得大骂他的父亲陈独秀是“老糊涂”。毛泽东则一针见血地指出，“重要之点不在此，在于蒋介石从此更加趾高气扬，在于国民党右派会加强活动，对我们挑衅。”而身处风口浪尖、矛盾旋涡中的周恩来，却充分展示了他后来一贯的人格魅力，一方面忍辱负重，坚决执行中央决议，一方面力尽所能地将损失减少到最低限度。根据他的指示，第一军中的共产党员，凡身份未曾暴露者，仍然秘密留下来，以便日后形势有所转机，继续发挥作用。 

　　这一段时间，周恩来忍受着来自各方面的压力和误会。被迫撤离第一军和黄埔军校的二百多名中共党员干部以及政治工作人员，由国民党军事委员会政治训练部在广州大佛寺举办一个所谓高级政治训练班。事实上，这些都是被蒋介石打入“另册”、需要特别加以防范的“危险人物”，由周恩来担任这个训练班的主任。试想，由第一军政治部主任下来担任训练班主任，其声望、威信和影响自不必言，为非常人所能接受，蒋介石仍不甘心，还要肆意找茬折磨他，三番两次去训练班讲话，信口雌黄，对中共及左派进行攻击。身处逆境的周恩来并未因而沮丧，仍然一丝不苟地做好本职工作，这个训练班被他办得有声有色，他先后向学员作了“反吴(佩孚)与反帝国主义”、“中国政治军事的观察”、“政治工作的设施及运用”等演讲，在他乐观向上的精神感召下，所有学员精神饱满，思想活跃，情绪稳定。三个月学习期满后，大多数人被分配到国民革命军其他部队工作，继续发挥着重要作用。 

　　在任训练班主任期间，中共中央代表张国焘专程从上海赶到广州，处理中山舰事件。在中共内部，张国焘以处事果断、作风专横著称，大家也都对他寄予很大的希望，希望他能拿出一个合理有效的解决办法。 

　　令人失望的是，张国焘仍然死抱着右倾机会主义路线不放，下车伊始，便不分青红皂白地将广州的中共头面人物挨个数落一番，指责广东区委专支持蒋介石，视黄埔为军事建设中心，忽略了各军的平衡发展，尤其是在黄埔担任重要职务的周恩来更是难辞其咎。这种不负责的批评完全缺少事实依据，在周恩来等一大批共产党人的努力下，黄埔军从无到有，从弱到强，成为当时最具朝气、最具理想、战斗力最强的新型军队，这一事实，谁也无法抹杀。 

　　到广州的第二天，张国焘在周恩来的陪同下，去找蒋介石直接谈判。重新踏上黄埔岛，周恩来的情绪不免有些激动，如今，黄埔军校往日那种火热的、活泼向上的革命气象已荡然无存，代之以森严、冷肃，令人窒息。所以，周恩来的脸色十分沉峻。张国焘却是一个劲地刻意讨好蒋介石，他声称是代表中央专程来看望蒋介石的，他并承认黄埔同学中的中共党员犯有错误，希望蒋介石大人大量，能原谅并教育他们，他们是一向爱戴和服从他的。 

　　面对张国焘的软弱和阿谀，蒋介石更是盛气凌人，对张国焘爱理不理。坐在一边的周恩来却是冷眼旁观，不卑不亢。鉴于中共中央对此事已定下基调，周恩来尽管有所不满，但只能三缄其口，张国焘甚至讽刺他为“噤若寒蝉”。然而，正是在这种默默忍受中，锻炼了他的非凡毅力、涵养、韧劲和灵活的工作作风，颇有眼力的蒋介石从来没有轻视过周恩来的能力和分量。 

　　退出第一军后，周恩来开始主持中共广东区委军委工作，为北伐战争做前期准备，尽管干部力量不足，只有聂荣臻和黄锦辉二人，但各项工作仍然有条不紊地进行着。 

　　随着北伐计划进入实施阶段，蒋介石成立了北伐军总司令部，张治中特别向蒋郑重推荐周恩来担任总司令部政治部主任一职，但蒋介石一口回绝，称心中已有合适人选，拟请邓演达出任。其实，蒋介石心里的算盘是不让周邓各展其长，邓演达在黄埔军人中的威信，几欲直逼他蒋介石本人，又是著名左派，千万不能让他亲自带兵，与军队的联系过于紧密；而周恩来经过中山舰事件的洗礼后，变得更加成熟、沉稳，如让他做政治部主任，几年之后，士兵的头脑大概都要被共产党清洗一遍了。因此，他的态度很坚决，周恩来进总司令部可以，但只能担任经济部主任这样的事务性的角色，张治中只得怏怏而去。 

　　对于这一安排，周恩来认为蒋介石太虚伪，也太小心眼了，置北伐大业于不顾，处处为一己私利打算，所以他断然拒绝。 

　　周恩来的愤怒如同夏天的暴雨，倏然而来，倏然而去。很快，他就重新调整了情绪，表现出一派大将风度，邀请张治中出席宴会。根据党的指示，他和包惠僧假广州永汉北路财政厅属“太平餐馆”宴请第一军出征将士，以表中共方面对北伐的支持和诚意。 

　　参加宴会的都是周恩来在黄埔的同事，有第一军副军长兼第1师师长王柏龄、第2师师长刘峙、第20师师长兼广州警备司令钱大钧，还有总司令部军需处长渝飞鹏等20余人。从这份名单上就可以看出共产党人的心胸，像王柏龄、刘峙之流都是铁杆右派分子，也是中山舰事件中蒋介石的打手，但共产党人不咎以往，一切从北伐大局出发，以北伐大计为重。 

　　周恩来满面春风，高擎酒杯，用他特有的乡音，朗朗祝道：“诸位将领出征在即，无以为敬，特备薄酒，为各位饯行，以壮行色。”坐在周恩来对面的张治中对周恩来的敬佩不由地更加深了一层，刚才与他分手时，还见他怒发冲冠，而转眼一瞬之间，却见他嘴角含春，笑意暖人，只有共产党人才有此胸襟，有此度量，不能不让人平添几分好感，几分同情。 

　　这一次的宴会虽然形式上是为北伐军上前线作战的将领饯行，不过是私人的应酬而已。实质上是共产党为了巩固国共两党的联合战线的一个政治任务。在喝酒与吃茶的当中，周恩来很勇敢地打了两次通关，输了拳就很痛快地干杯，赢了拳就很严肃地举起酒杯等待对方喝酒，他那简洁明了的语调、闪烁动人的目光，执行酒令时大公无私的态度，全场都为之喝彩，就是王柏龄那样奸狡巨猾的人物，输了拳也不敢抵赖，俯首贴耳地喝酒。 

　　1926年7月，北伐战争终于全面发动，随着革命中心由南向北的转移，度过中山舰事件风波的周恩来也奉命调中共中央工作，投入到另一个全新的战场。