从自然资源看，菏泽有牡丹、黄河、地热和广阔的平原农业种植区。这里的牡丹栽培历史悠久，最早可追溯到隋唐时期。从明朝以来，一直是国内重要的牡丹栽培、观赏基地，被称为"牡丹之乡"。
到目前，菏泽栽培面积已达到2000公顷，600多个品种。曾多次在国内外重大花卉展评中获奖，在99年昆明世博会设立的110项牡丹花卉单项奖中，菏泽牡丹一举夺得81个奖项，显示了"菏泽牡丹甲天下"的实力。每年牡丹花开时节，近百万国内外游客云集，人海如潮，唐朝诗人白居易的诗句"花开花落二十日，一城之人皆若狂"是对这一场景的真实写照。菏泽牡丹不仅供观赏，还是重要的经济作物，多年来，牡丹苗木和冬季催花牡丹一直行销北京、上海、天津、广州等国内100多个大中城市，同时出口美国、日本、法国等20多个国家，年销量约为60万株。
中华民族的母亲河-黄河，流经市内四个县区，境内全长157公里。整个河段上宽下窄，最宽处20公里，最窄处5公里。沿大堤两岸种植了成材林，形成了一条绿色长廊。黄河沿岸还有孙膑旅游城、刘邓大军渡河处等景点。黄河故道在菏泽的南边界，境内全长140公里，穿越市内3个县，总面积2431.87平方公里，林场、果园、水库星罗棋布，玫瑰、荷花等花卉众多，环境优雅，有较高的开发价值。
菏泽还有丰富的地热资源，据地矿部门初步勘测，全市范围内均有地热。近几年，鄄城县、牡丹区 、曹县成功地打出了地热井，出口水温都在55度以上，水质优良，有很高的医疗价值，是开发温泉疗养的重要资源。
