2006年10月17日，在博鳌两岸农业合作论坛上闭幕式上，大陆推出了20项扩大和深化两岸农业合作的新政策措施。这些新政策措施涉及四大方面，共20项，具体包括：
一、关于进一步完善海峡两岸农业合作试验区和台湾农民创业园建设方面
1、欢迎台湾农民合作经济组织、台资农业企业和农民参与大陆海峡两岸农业合作试验区和台湾农民创业园的建设与发展；鼓励和支持台湾农民合作经济组织与大陆农民专业合作经济组织之间开展合作与交流活动。
2、来园区从事农业合作项目的台湾农民，可依照大陆有关法律、法规和规章直接申请设立个体工商户。具体登记办法由有关部门另行制定。
3、简化园区台资农业企业在项目核准、企业立项、税务征收、检验检疫通关等相关审批办理手续，降低企业的运营成本。
4、对台湾农民创业园内的基础设施建设给予积极财政支持。对创业园的重点农业高新技术项目予以优先立项、重点扶持。
5、积极做好用地服务，支持海峡两岸农业合作试验区和台湾农民创业园的发展建设。对试验区和创业园的用地规模和布局，将在地方土地利用总体规划中统筹安排和落实，予以重点倾斜。对试验区内符合条件的已核准、签约的台资农业发展项目，在依法、节约、高效的前提下，优先协调用地。
6、经有关部门批准，四川新津、重庆北碚台湾农民创业园，上海郊区、江苏昆山和扬州两岸农业合作试验区正式投入运行。
二、关于鼓励和支持两岸农业合作与技术推广，扩大合作领域方面
7、为鼓励两岸农业合作与技术推广，大陆有关部门将运用农业技术推广资金予以支持，具体项目由有关省市组织申报。
8、积极支持台湾各类各级农民合作经济组织、农业企业和台湾农民来大陆参加农产品的展览及推销活动，并在检疫审批、查验放行、检验检疫监管等方面继续提供便利措施。进一步为台湾农产品进口提供通关便利措施及优质的通关服务。
9、优先安排台湾产兽药产品在大陆审批和注册，取得《兽药注册证书》后，可通过在大陆设立销售机构或委托符合条件的大陆代理机构在大陆销售。
10、对台湾渔船自捕水产品进口，在原来允许输往福建的基础上，增加允许输往广东汕头。
11、充分发挥大陆现有的出口加工区及保税仓库、出口监管仓库的作用，鼓励和支持两岸农业界开展农牧产品、水产品等深加工，促进两岸农业合作和贸易往来。
12、加强台资农业企业在大陆投资经营的咨询服务工作。农业、商务主管部门和海峡两岸经贸交流协会在网站上设立投资大陆农业政策专栏，向台湾农民介绍有关政策法规。
三、关于优化服务，便利两岸农产品贸易和大陆台资农业企业产品销售方面
13、为方便大陆台商引进农作物优质种子种苗，增强其在大陆拓展业务的竞争能力，大陆有关行政主管部门缩短台商自岛内引进种子种苗及其栽培介质检疫许可的审批周期，自受理台商进口申请之日起20个工作日内完成审批工作。大陆检验检疫机构提供相关检验检疫便捷措施。
14、在大陆的台资农业企业自岛内进口自用的与农林业生产密切相关的种源品种，可以按照国家相关法律和政策规定及管理程序零关税进口；对于经农业部或国家林业局根据年度计划额度审批的，还可同时享受免征进口环节增值税的优惠政策。
15、凡涉及野生动植物及其产品（包括人工繁殖、人工培植）贸易，有关台资企业可向省、市、自治区林业或渔业行政主管部门事先备案并提出相应的进出口管理计划（包括种类和数量），大陆野生动植物行政主管部门和大陆濒危物种进出口管理办公室在审批相关计划及核发相关证书时，在依法的前提下，实行最为简便的办理手续，缩短工作时限，便利企业。
16、凡涉及人工培植来源的蝴蝶兰、大花蕙兰、仙人掌类、仙客来、云木香、天麻、西洋参、芦荟植物种标本贸易，大陆濒危物种进出口管理办公室在各地的办事处可根据林业主管部门批准文件，直接核发相关证书，减少审批环节，提高效率。
17、对台湾农渔产品进口商提出的“网上支付”申请，海关部门将优先受理、审批并安排相关设备。海关总署深圳原产地管理办公室设立联络人和专线电话，提供台湾农渔产品进口通关涉及相关业务的咨询和答疑。
18、凡运输台湾鲜活农产品的合法装载车辆，可以享受沿线省级人民政府制订的“绿色通道”通行费优惠政策和通过沿线收费站设置的专用“绿色通道”优先通行政策。
四、关于保护台湾农产品知识产权，维护台湾农民正当权益方面
19、为规范台湾水果的市场经营行为，保护台湾水果品牌和形象，工商行政管理机关将加强市场监督管理，严格区分“台湾产地水果”和“台湾品种水果”。凡是销售非原产于台湾岛内的台湾品种水果，均需在包装物和价格标签上注明产地。对以非原产于台湾的水果假冒台湾产地水果进行销售的行为予以制止，并按照《反不正当竞争法》的有关规定予以处罚。加强对相关广告宣传的监管力度，对违法广告行为将依据《广告法》等法律规定予以处罚。
20、欢迎台湾农产品生产商和经销商在大陆通过注册普通商标、证明商标或集体商标等方式，获得《商标法》的保护。对侵犯台湾农产品注册商标专用权的，按照《商标法》的有关规定予以处罚。
