2006年1月
１月19日，台“陆委会”宣布，在1月20日至2月13日期间扩大实施金马“小三通”项目，金马旅台乡亲无需以组团方式，即可直接经由“小三通”出入大陆。
1月20日至2月7日，两岸12家航空公公司承运2006年春节包机，共运营了72个往返航班，运送旅客27276人次。2006年的春节包机比上年增加了厦门航点，而且乘客范围扩大至其他往返两岸持合法有效证件的台湾居民，往返双程载客。
１月21日，国民党政策会执行长曾永权、大陆事务部主任张荣恭等人举办记者会表示，继两岸春节包机后，国民党将推动“两岸客货包机周末化、常态化及开放大陆民众赴台观光事宜”。
2006年2月
2月7日，2006年两岸春节包机圆满结束。
2006年3月
3月22日，马英九访问美国，在哈佛大学发表演讲，提出发展两岸关系的“五要”主张：要促进两岸在“九二共识”基础上尽速恢复平等协商；要促进两岸终止敌对状态、达成和平协议；要促进两岸经济全面交流，建立两岸经济合作机制，实现全面、直接与双向“三通”，推动建立两岸共同市场；要发展台湾国际参与的“暂行架构”；要加强两岸文化、教育交流。
2006年4月
4月18日，台“行政院长”苏贞昌指出，“只要两岸谈好假期包机模式，重要节日就可一体适用，不再每逢重要节日都再谈一次，也不会限制大陆观光客人数。”
2006年6月
6月14日，海峡两岸航空运输交流委员会宣布，海峡两岸航空业民间组织就清明、端午、中秋、春节期间的两岸客运包机和紧急医疗救援包机、残疾人包机以及有特殊要求的货运包机等的技术性、业务性问题达成共识，做出框架性安排，经双方业务主管部门认可，自即日起实施。
2007年１月
1月1日 中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛在全国政协新年茶话会上指出，在新的一年里，我们要牢牢把握两岸关系和平发展的主题，扩大两岸人员往来和经贸文化交流，促进两岸直接“三通”，认真落实两岸政党交流达成的共识和我们主动宣传的政策措施，尽最大努力为两岸同胞谋和平、谋发展、谋福祉，使两岸同胞感情更融洽、合作更深化，促进两岸关系发展，维护台海和平稳定。
2007年3月
3月5日 国务院总理温家宝在十届全国人大五次会议上作政府工作报告时指出，我们坚持“和平统一、一国两制”的基本方针，坚持新形势下发展两岸关系、推动祖国和平统一进程的各项政策，团结广大台湾同胞，坚决反对“台湾法理独立”等任何形式的分裂行动；牢牢把握两岸关系和平发展主题，积极扩大两岸交流与合作，促进直接“三通”，以最大的诚意、尽最大的努力为两岸同胞谋和平、谋发展、谋福祉；将继续在一个中国原则基础上，加强同主张发展两岸关系的台湾各党派的对话和交流，争取早日恢复两岸对话与谈判，努力推动两岸关系朝着和平稳定方向发展。
2007年6月
6月15-22日 两岸首次端午节包机顺利完成，两岸11家航空公司在北京、上海、广州、厦门和台北、高雄6个城市间，共执行21班往返包机，运送旅客6461人。
2007年9月
9月21-30日 两岸中秋包机实施，两岸21家航空公司执行48个航班，运送台湾居民及台商眷属等8469人。
2007年11月
11月22日 下午五点整，一架航班号为DER/JD九二三的金鹿航空有限公司的民航飞机从温州永强机场起飞，载着特殊乘客——患病的台商汪海涂，直赴台湾高雄机场，入台就医。
11月26日 河北与台湾第一次直飞紧急医疗救援包机。
2007年12月
12月13日 厦航正式公布了二00八年两岸春节包机时刻及运价，并于十三日起接受台胞订票。据介绍，虽然航油价格上涨，但厦航明年春节包机价格仍与二00七年春节包机一致。
2008年2月
2008年春节，两岸共有12家航空公司总计安排93个往返航班，航点仍为北京、上海、广州、厦门和台北、高雄六城市。考虑到市场的因素，航班安排相对集中在节前2月2至6日（2月7日春节）和节后2月11日至15日。这是自2003年以来第五次实施两岸春节包机。 据民航总局统计，2008年两岸春节包机总计执行了94个往返航班，共运送旅客31442人次，运输行李28893件、452194公斤。
2008年4月2日
2008年两岸清明包机于4月2日至8日顺利实施，两岸11家航空公司在北京、上海、广州、厦门和台北、高雄6座城市间共执飞了21个往返航班，运送台湾同胞及其眷属5341人，平均载客率为73%。其中，大陆航空公司运送2228人；台湾航空公司运送3113人。
2008年6月3日
2008年两岸端午包机于6月3日首飞，至6月15日已圆满结束。两岸共计10家航空公司在北京、上海、广州、厦门和台北5城市间共执飞了19个往返班次，运送台湾同胞及其眷属6568人，平均载客率为90%。其中，大陆航空公司运送2298人；台湾航空公司运送4270人。
2008年6月13日
海峡两岸关系协会会长陈云林与台湾海峡交流基金会董事长江丙坤在北京签署了《海峡两岸包机会谈纪要》。
2008年6月16日
根据海峡两岸关系协会与台湾海峡交流基金会6月13日在北京签署的《海峡两岸包机会谈纪要》精神，民航局于6月16日公布大陆航空公司周末包机分配方案。
2008年7月4日
首次两岸周末包机于7月4日启动，当天共有18班包机往返两岸，大陆航空公司分别由北京、上海（浦东）、广州、厦门和南京5个首批开放航点往返台北桃园和松山2个机场，台湾航空公司则分别由台北、台中、高雄、花莲、澎湖飞往北京、上海、广州、厦门。
两岸航空公司首月周末包机计划均已排定，共计144个往返班次。从两岸机场来看，抵离北京27班、上海70班、广州31班、厦门12班，新开的南京航点也将有4班；台北桃园机场56班、台北松山机场77班，高雄、台中、澎湖、花莲机场各有不超过5班的包机抵离。
中共中央台办、国务院台办主任王毅在 大陆居民赴台旅游暨两岸周末包机（北京）启动仪式上表示，今天是两岸关系史上一个值得纪念的重要日子。他代表中台办、国台办表示热烈祝贺，对所有曾经为两岸周末包机和大陆居民赴台旅游付出辛劳、倾注心血的两岸各界人士表示衷心感谢。
2008年7月27日
在北京国际新闻中心27日举行的中国水路交通改革发展新闻发布会上，交通运输部水运司司长宋德星介绍了30年来两岸海上通航取得的局部进展。他说，目前两岸海上通航包括三种模式：
一是福州、厦门与高雄港间的“试点直航”集装箱航线，由两岸船公司使用自有或经营的方便旗船，运输两岸的外贸中转货物，货物不通关不入境，“试点直航”航线共有10家船公司、10艘船舶运营。
二是大陆主要港口与台湾本岛间的两岸三地集装箱班轮和不定期散杂货运输，运输两岸间贸易货物，也是由两岸船公司使用自有或经营的方便旗船运营，目前两岸三地集装箱航线涉及大陆15个港口和台湾5个港口。
三是福建沿海与台湾离岛地区的海上直接往来（简称“小三通”），由两岸船公司使用在两岸登记的船舶，采取航行时挂公司旗，进出对方港口不升挂对方旗的方式运营。
2008年9月3日
由中国通信学会邮政通信委员会与台湾邮政协会共同主办的第八届两岸邮政发展研讨会在北京举行。
2008年9月7日
今年的中秋节是9月14日，今年两岸中秋包机航班已正式排定，两岸将共有8家航空公司共计执飞16个往返航班，航点包括上海、厦门和台北。 两岸中秋包机的执飞时间是9月7日至21日。中国民用航空局提供的包机计划表显示，参加此次包机的包括大陆的东航、厦航、上航，以及台湾的华航、长荣、华信、立荣和复兴共8家航空公司。大陆两个航点中，除厦门航点将分别于9月19日与21日各执飞1趟往返航班之外，其他航班全部集中在上海航点。
2008年11月4日
海协会会长陈云林与海基会董事长江丙坤4日下午在台北签署了《海峡两岸空运协议》《海峡两岸海运协议》《海峡两岸邮政协议》和《海峡两岸食品安全协议》四项协议。这宣告两岸同胞盼望已久的两岸直接通航、通邮即将变成现实。
2008年12月15日
大陆及台湾举行两岸海运直航、空运直航、直接通邮的启动仪式，两岸“三通”基本实现。
