原名火山庙，位于台南县白河镇仙草里关仔岭火山的半山腰，背倚秀丽的枕头山，古雅堂皇，加之附近又有大仙寺毗邻，两座古刹齐名享誉，成为关仔岭的佛门圣地。关仔岭景色秀丽，有环山公路可抵火山碧云寺，其沿途峰回路转，珍草异木参差其间，有所谓“山重水复疑无路，柳暗花明又一村”之感。经过一段大回转后，远远便可看见著名宝刹碧云寺。
碧云寺早先开山祖师是释应样，他于清乾隆五十七年(公元1792年)亲自到福建泉州晋江县，恭请观音菩萨圣像一尊，渡海到台湾，先置奉于阿公店(即冈山镇)，后迎供于火山大仙寺。嘉庆元年(公元1796年)，他在大他寺修行3载期满。乃云游探胜，攀山涉水，以寻觅其晚年隐修之所，最后在关仔岭火山的半山腰发现了此佳境，便披荆斩棘，结茅构宇，并将原供于大仙寺的观音圣像迎移此间。释应祥祖师自结茅之始，即赖其双手，不断垦田地，播五谷，开拓寺院所需财源，如此积年累月，总算渐具规模，而且信众日多，香火也渐鼎盛。后有信徒于嘉庆十一年(公元1806年)、1931年至1973年间不断捐款整修，陆续又扩建了地藏王殿，创办了晓光佛学院。
现今碧云寺依山面野，极目远眺，群峰起伏，一片苍翠，广阔的嘉南平原尽收眼底。若遇晴朗碧天，则可见海上船舶往来，水天一色。寺院山门古拙，上联“碧寺梵宫是处好谭方外趣”，下联“云开雨化此间且结静中缘”；颇吸引人。山门前一对凸眼、暴牙、摇尾的铜狮，造形玲珑别致，古拙中带有异趣，异趣中又带有庄严，是难得一见的范例。山门旁有两块墓碑，一块为第一代释应样祖师墓碑，另一块为第五代芳公债兴师墓碑。进人山门，庭院典雅脱俗，红瓦木梁的三宝殿、地藏王宝殿等殿宇益显佛门古刹的肃穆静雅。三宝殿构造严谨，为五阶进式的宫殿模式，古朴的庙观仍不失庄严的一面。殿内所供奉的三宝慈尊，在殿内的大理石壁上，也饰有历史故事的梵图。地藏王宝殿内的佛龛 、雕刻精美的佛桌，件件都是上乘之作。寺院右角长满青苔的岩石，是闻名全台湾的“出米洞”，现已封口，在其右下角处，置有3座古老的石碑。除此，这里尚有天然佳景龙喉风烟、石室仙踪、蝙蝠洞天、灵风动石、云海奇观等特别吸引人。“龙喉风烟”在碧云寺庭院前，是一块 嶙峋巨石下端的洞穴，每天穴内喷吐白色烟雾，尤其风雨寒天，云烟迷漫，宛若飘渺的仙境。“石室仙踪”在碧云寺东南方，又称仙洞，洞内在严冬时温暖如春，而盛夏时却又凉风习习，洞旁则树木茂密，浓阴遮天。
传说，过去曾有僧人在此洞中趺坐，参禅通化成仙。“蝙蝠洞天”是碧云寺后山的一个岩洞，深邃而阴凉，有数千只蝙蝠栖息其间，步入洞内，可见群蝠盘旋飞舞，蔚为奇景。“灵风动石”位于碧云寺后，此独自耸立，观之摇摇欲坠，但数百年来，仍屹立山巅；在此处，也可伫立眺望四周群山景色。“云海奇观”在碧云寺前，每当旭日东升，云袅绕，正如连雅堂题诗曰：“大山奇绝穷天下，独立峰头眼界开，万顷平原茫似海，一轮晓日大于盘。”
