为推动两岸农业合作，发挥大陆不同地区农业资源优势与台商资金、技术与管理优势，1997年起，国务院台湾事务办公室、农业部与外经贸部（现商务部）先后联合批准在福建省（福州市、漳州市）、海南省、山东省平度市、黑龙江省……多个县市与陕西杨凌等建立了9个“海峡两岸农业合作试验区”，开创了两岸农业合作的新模式。
福建省海峡两岸农业合作试验区是1997年由国家批准的第一个以促进海峡两岸农业经贸发展、扩大农业合作的试验区，也是成效比较好的试验区。此前，该试验区包括了福州与漳州两个试验区，也是目前成效最好的试验区之一。福州试验区以发展优质高效农业为重点，即发展水果、蔬菜、花卉、粮食、食用菌、畜禽、水产、林竹等8大产业，建立了亚热带优质高效农业合作区、山地综合农业合作区、沿海渔业合作区、城乡观光农业合作区、海岛综合开发合作区与绿色食品生产合作区等6个合作基地。福州试验区在启动福清、闽侯、浪岐3个示范区的基础上，2001年又新批准罗源、连江与晋安3个示范区。
漳州实验区以发展外向型农业为重点，主要包括发展粮食、水果、花卉、畜牧、林竹、食用菌、蔬菜与水产8大类产业，先后建立了农产良种引进隔离区、长桥农业园艺科技合作园区、南溪流域耕地综合开发合作区、东山湾水产养殖合作区、东山水产品加工贸易合作区及云洞岩、三平观光休闲农业合作区等8个合作试验区。
2005年7月，国务院台湾事务办公室、商务部、农业部批准福建将该试验区扩大至全省范围，设立海峡两岸（福建）农业合作试验区。
2006年6月，福建省委、省政府正式印发《鼓励和支持海峡两岸（福建）农业合作试验区建设的暂行规定》。同年7月，福建省正式出台《海峡两岸(福建)农业合作试验区发展规划》。
1.福建福州海峡两岸农业合作试验区
福建福州海峡两岸农业合作试验区于1997年7月经国务院台湾事务办公室、商务部（原外经贸部）、农业部批准正式成立。
福州地处闽江下游，背山临海，耕地肥沃，河网密布，林木茂盛。福州海域辽阔，海岸线长达1137公里，占全省三分之一，水质良好，是祖国大陆重点渔区之一。福州海峡两岸农业合作试验区以优高农业为重点，包括水产、蔬菜、水果、食用菌、畜禽、花卉、林竹七大产业，建设六个区（南亚热带“优高”农业合作区、山区综合农业合作试验区、城郊农业观光合作区、沿海渔区合作区、海岛综合开发合作区、绿色食品生产合作区）和一个加工营销信息中心。
福州海峡两岸农业合作试验区成立以来，当地各级政府和实验区管理机构积极采取各种措施，在审批办证、通关验收、投资领域、投资形式、用地方式、产业扶持、税收减免等方面为投资试验区的台商提供法律保障和优惠政策，建立完善项目基建联合审批，联合年检、口岸联检、统一收费、统一受理投诉、重大项目领导联系服务、“一条龙服务”、“中国电子口岸”等规范化服务制度，为台胞提供良好的投资环境和社会服务体系，促进闽台农业交流与合作的不断发展。
截止2004年11月，试验区累计引进台资农业合作项目382项，合同利用台资3.76亿美金，实际到资2.8亿美金。
福州海峡两岸农业合作试验区将一如既往地为台湾同胞提供创业的乐园和优质的服务。
2.福建漳州海峡两岸农业合作试验区
福建漳州海峡两岸农业合作试验区于1997年7月经国务院台湾事务办公室、商务部（原外经贸部）、农业部批准正式成立。
漳州地处闽南金三角，是祖国大陆首批14个沿海开放城市之一，也是台湾同胞的重要祖籍地。漳州海峡两岸农业合作试验区以外向型农业为重点，包括粮、果、菜、菌、花卉、水产、畜禽、林竹八大产业，设立2828工程，即建设两个中心（农业科技交流中心、闽台农产品集散中心），八个合作区（农业良种引进下蔡隔离区、长桥农业科技园区、南溪流域农业综合开发合作区、东山湾水产养殖合作区、芗江流域山地综合开发合作区、角美农产品加工合作区、东山水产品工贸合作区、云洞岩－三坪观光休闲农业合作区）以及包括台资农业企业和漳州市农业龙头企业在内的二十八个重点企业带动项目。
漳州海峡两岸农业合作试验区设立以来，漳州市政府和试验区管理机构对台商投资提出了“优先审批、优先融资、优先验放、优先办证照；放宽投资领域、放宽投资形式、放宽经营方式、放宽用地方式”的“四个优先、四个放宽”优惠政策，为漳台农业交流与合作营造良好的投资环境和服务氛围。漳台两地农业合作形成了由点到面、由单项零星向产业整体配套、由沿海向内陆山区梯度推进的全面发展态势，漳州已成为祖国大陆地市一级利用农业台资最多的城市和台商投资农业的密集区。
截止2004年11月，试验区累计引进881项合作项目，合同利用台资13.7亿美金，实际到资6.6亿美金。
漳州海峡两岸农业合作试验区将进一步优化投资环境，推进“一站式”、“一条龙”便捷服务，竭诚欢迎广大台湾同胞到实验区投资兴业。
