一、 关于闽台农业合作的基本原则
条例总则第三条规定了闽台农业合作的基本原则，即："优势互补、互利共赢、全面合作、共同发展"。这条原则不仅符合闽台
农业合作的实际要求，而且体现了闽台农业合作的内在逻辑联系。"优势互补"是合作的基础，"互利共赢"是合作的关键，"全面合作"是合作的方向，"共同发展"是合作的目标。闽台农业合作是双向合作、全面合作，全面合作就是全方位的合作，闽台农业的"农业"是"大农业"概念，包括种植业、林业、畜牧业和渔业等产业，包括与其直接相关的产前、产中、产后服务。
二、 关于从事闽台农业合作台湾同胞的待遇
为了促进台湾同胞来闽从事农业合作，条例第四条明确规定："从事闽台农业合作的台湾同胞，与本省居民享有同等的投资待遇，享受同等的优惠政策和优质服务"，根据这一总体性规定，条例在第二十条、第二十一条、第二十二条、第二十三条、第二十四条等条文中对从事闽台农业合作台湾同胞的待遇作了具体规定，如可以申报农业产业化龙头企业和品牌农业企业，无公害农产品、绿色食品和有机食品标志使用权，中国驰名商标、中国名牌产品、中国名牌农产品、福建省著名商标和福建省名牌产品等，经认定后享受县级以上地方人民政府相应的优惠政策；可以申报评审农业专业技术职务任职资格和职业技能鉴定；在农业保险、救济救助方面，与本省居民、企业享受同等待遇。
三、 关于政府的服务和保障职责
促进闽台农业合作，政府的服务和保障至关重要。条例第五条规定："省人民政府应当将闽台农业合作纳入本省国民经济和社会发展规划，制定促进闽台农业合作的政策措施"。第六条规定："县级以上地方人民政府主管闽台农业合作工作的部门负责本行政区域内闽台农业合作的组织、协调和服务工作。县级以上地方人民政府其他有关部门根据各自职责，负责闽台农业合作的相关工作"。第十七条规定："地方各级人民政府及其有关部门应当加强闽台农业合作的服务工作，改善投资环境，提高办事效率，严格依法办事，切实保障台湾同胞和闽台农业合作企业的合法权益"。第十八条规定：" 省人民政府设立闽台农业合作专项资金，市、县（区）人民政府根据需要设立闽台农业合作专项资金。闽台农业合作专项资金列入同级财政预算。闽台农业合作专项资金用于闽台农业合作重点项目建设、交流平台建设、科技研发与推广、人员培训与交流活动等"。
此外，为了明确有关部门的服务保障职责，条例第三十条、第三十一条、第三十二条第对信息、工商登记、海关、检验检疫服务等作了规定："县级以上地方人民政府和有关部门应当依法及时公开相关信息，为闽台农业合作提供政策咨询和信息服务"；"台湾同胞从事闽台农业合作的，可凭其合法、有效的主体资格证明或者身份证明及相关文件材料办理工商登记；在大陆和台湾地区以外第三地投资设立公司并以其名义来闽投资的，在办理登记时经大陆和台湾地区以外第三地相关部门证明确属台资控股或者独资的，其投资主体资格证明可免予公证和认证"；"海关、检验检疫等有关部门应当依法为闽台农业合作提供通关便利和优质服务"。
四、 关于鼓励闽台农业合作与交流
为了提升闽台农业合作的层次，扩大闽台农业合作的领域和交流范围，条例规定了一系列的促进措施。条例第八条明确规定鼓励从事的闽台农业合作项目，包括农业综合开发，良种引进、繁育、试验、示范和推广，特色农产品生产经营，农业高新技术，农产品精深加工业，新型农用工业，农产品物流业，休闲农业等领域，从事以上合作项目的，享受国家和本省相应的扶持政策。条例第十二条规定："鼓励企业、教学科研机构和个人开展闽台农业合作与交流。鼓励台湾同胞在本省从事农业科研、教学、培训、咨询等活动。台湾同胞可以单独或者与企业、教学科研机构等组织合资、合作在本省设立农业科技研发、推广机构。台湾同胞可以依托其所在的企业、教学科研机构作为项目负责人，申请农业科研项目。鼓励本省科技人员、经营管理人员和教学人员赴台开展农业合作与交流活动"。
此外，条例第九条、第十条、第十一条、第十三条还规定了台湾同胞可以代理闽台农业合作招商业务，开展闽台农业合作项目的策划,参与举办农业经贸活动；从事闽台农业合作的台湾同胞，可以依法发起或者参加农民专业合作经济组织；台湾同胞可以在市、县（区）工商行政主管部门直接登记申请设立个体工商户；鼓励设立台湾农业技术、新产品推广中心等。
五、 关于台湾农民创业园和闽台现代农业合作示范区
台湾农民创业园和闽台现代农业合作示范区，是台湾同胞来闽创业的重要基地和闽台农业合作的重要载体，可以发挥整合资源、集中招商、产业聚集、试验示范、辐射带动的作用。对此，条例第五条第二款规定"省人民政府应当发挥海峡两岸农业合作试验区、现代林业合作实验区的窗口、示范和辐射作用，促进对台农业资金、技术、良种、设备等生产要素的引进与合作"。条例第十九条对台湾农民创业园和闽台农业合作示范区的设立和资金支持等作了具体规定："经国务院有关部门或者省人民政府批准，县级以上地方人民政府可以设立台湾农民创业园和闽台现代农业合作示范区。县级以上地方人民政府对台湾农民创业园和闽台现代农业合作示范区的基础设施建设、重点农业高新技术项目给予资金支持。对台湾农民创业园的用地规模和布局，县级以上地方人民政府在土地利用总体规划中予以统筹安排；对台湾农民创业园内符合条件且已核准的闽台农业合作项目，在依法、节约、高效的前提下，优先协调用地"。
六、 关于闽台农业合作用地
土地、林地、海域作为闽台农业合作的生产要素，对促进闽台农业合作具有重要作用。对此，条例第二十七条、第二十八条对闽台农业合作取得土地、林地、海域使用权等作了具体规定:"闽台农业合作项目需要使用农村家庭承包经营土地的，可以按照依法自愿有偿原则，通过流转方式取得农村土地承包经营权；需要使用其他农村集体土地的，可以通过招标、拍卖、公开协商等方式取得荒山、荒滩等土地承包经营权。所在地人民政府在农民自愿和维护承包农户权益的前提下，依法做好农村土地承包经营权流转的相关服务。农村集体经济组织及其成员可以依法以集体土地使用权、土地承包经营权、林地使用权或者海域使用权入股与台湾同胞合作从事农业开发"，" 闽台农业合作项目需要使用海域的，可以依法申请取得海域使用权"。
七、 关于贷款和融资
贷款和融资是从事闽台农业合作的台湾同胞遇到的一个重要问题，也是条例规定的一个亮点。条例第二十五条规定："鼓励金融机构开发、创新适合闽台农业合作项目的金融产品和服务，增加对闽台农业合作项目的信贷投入。台湾同胞可以依法将其生产设备，交通运输工具，建筑物和其他土地附着物，建设用地使用权，以招标、拍卖、公开协商等方式取得的荒山、荒滩等土地承包经营权，海域使用权等作为抵押财产，向金融机构申请贷款"。此外，条例第二十六条还规定："鼓励金融机构在闽台农业合作集中地区设立分支机构。台湾同胞可以依照国家有关规定成立专业性担保公司，为台湾同胞提供融资担保服务"。
八、 关于权益保障
闽台农业合作需要一个良好的投资环境，需要对投资者的合法权益给予有力保障。对此，条例第三十三条、第三十四条、第三十五条对闽台农业合作投资者的合法权益保障作了规定："涉及闽台农业合作的行政事业性收费项目和标准，应当按照法律、法规、规章的规定执行。禁止向闽台农业合作企业违法集资、征收财物、摊派费用或者违法要求履行其他义务。除法律、法规、规章和省人民政府规定或者授权外，任何单位或者个人不得到闽台农业合作企业检查，不得强制闽台农业合作企业参加培训班或者评比活动"；"闽台农业合作企业和台湾同胞个体工商户的财产权、经营权受法律保护。闽台农业合作企业和台湾同胞个体工商户依法取得的土地承包经营权、建设用地使用权、林地使用权和海域使用权，因公共利益需要依法被收回的，有权获得相应的补偿"；"闽台农业合作企业和台湾同胞个体工商户的合法权益受到侵害时，可以向有关部门反映，或者向台湾同胞投诉协调机构投诉，有关部门和台湾同胞投诉协调机构应当在三十日内给予答复、处理；也可以依法向人民法院提起诉讼"。
