会议开始前，中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林亲切会见了全体代表并发表重要讲话。贾庆林代表党中央、国务院对海协会第二届理事会第一次会议的召开表示热烈祝贺，对海协会以往在推动两岸关系发展中发挥的积极作用给予高度肯定，对即将产生的海协会第二届理事会的工作给予热情勉励。
贾庆林指出，通过协商谈判推动两岸关系发展和祖国和平统一进程，是我们党和政府一贯的方针政策。今年３月下旬以来，台湾局势发生积极变化，“台独”势力及其分裂活动遭到沉重打击，两岸关系发展面临多年来难得的历史机遇，两岸同胞比以往更热切地期盼两岸关系改善与发展。恢复两岸协商谈判并取得实际成果，是当前两岸关系改善和发展的重要标志。海协会新一届理事会承担着新形势下推动两岸关系和平发展的重要任务，要坚持在“九二共识”基础上与海基会进行商谈，秉持“建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢”的精神，先易后难，先经济后政治，循序渐进，务实解决两岸同胞关心的问题，推动两岸协商谈判不断取得进展，在两岸关系发展中发挥积极作用。贾庆林希望海协会按照党的十七大关于对台工作的总体要求，坚定不移地贯彻中央对台工作的大政方针，遵循建会宗旨，认真履行职能，在中央的领导下，在各有关方面的支持配合下，同心协力，为开创两岸关系和平发展新局面作出重要贡献。
国务委员戴秉国出席会议，并发表重要讲话。戴秉国指出，这次会议对于尽快恢复海协会与海基会的交往与商谈、努力开创两岸关系和平发展新局面具有重要意义。戴秉国说，我们应当紧紧抓住两岸关系发展面临的难得历史机遇，努力开创两岸关系和平发展的新局面。两岸协商谈判的进展，历来是两岸关系发展水平的重要标志。当前，海协会与海基会均已表示在“九二共识”的基础上恢复联系往来和协商谈判。希望海协会与海基会复谈后，优先协商解决两岸同胞期待已久的两岸周末包机和大陆居民赴台旅游问题，争取尽快签署协议，尽早实施，以满足两岸同胞的迫切愿望。戴秉国还表示，在今后的两岸协商谈判中，双方要维护“九二共识”这一两岸协商谈判的政治基础，搁置一时不易解决的问题，先解决可以解决的问题，以利推动两岸关系取得实际进展，最终在两岸关系发展的过程中创造条件，寻求解决两岸关系中历史遗留问题和可能遇到的新问题的办法，还要努力解决两岸同胞交往中遇到的实际问题，保持两岸关系和平发展的势头。
中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室主任王毅出席会议并讲话。王毅充分肯定了海协会十年来取得的工作成绩，希望海协会在新形势下承担起推进两岸协商谈判进程的重要使命。今后海协会要根据两岸关系形势发展和对台工作需要，与海基会就今后协商议题和步骤作出规划，努力解决两岸同胞关心的问题，推动两岸人员往来和经济文化交流，推动两岸全面直接双向“三通”进程；并且在建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢的过程中，积极创造条件，寻求解决两岸关系和平发展中遇到的问题，为构建两岸关系和平发展框架而努力。中共中央台办、国务院台办将一如既往地支持海协会的工作，保障海协会职能的顺利履行。
海协会第一届理事会常务副会长李炳才代表上一届理事会作了会务报告。李炳才指出，海协会在台海局势风云变幻、两岸关系十分困难的情况下，继续高举两岸协商谈判的旗帜，维护两岸协商谈判的政治基础；发挥受权民间团体作用，坚决反对和遏制“台独”分裂活动；与台湾和海外赞成发展两岸关系的团体和人士开展广泛的联系与合作；协助有关部门和地方妥善处理两岸同胞交往中遇到的问题，维护两岸同胞的正当权益，开展了大量工作，付出了艰辛努力。
会议闭幕时，新当选的还协会会长陈云林发表讲话，向新一届理事会报告了海协会近期工作设想。陈云林说，海协会与海基会已经互致函电，都表明了在“九二共识”基础上尽早恢复商谈的立场，两会商谈即将重新开始。海协会将按照党中央、国务院对海协会工作的明确要求，根据授权，切实发挥海协会通过与海基会商谈推动两岸关系发展的重要作用。海协会已经做好接待海基会董事长江丙坤及两会恢复接触后首次会谈的准备，希望两会恢复商谈的第一步能够顺利迈出，两岸周末包机、大陆居民赴台旅游两项商谈能够取得积极成果。海协会将本着先易后难、循序渐进的精神，与海基会就今后的协商议题和步骤做出规划。海协会已得到授权，就大陆同胞赠送台湾同胞的一对大熊猫早日到台湾安家落户事宜，与海基会协商做出安排。海协会还将积极推动海协会与海基会领导人互访，以进一步提升两会交往水平。陈云林表示，海协会将继续充分发挥受权民间团体的特点和优势，加强与台湾各界社会团体和人士的联系和交往；继续协助有关方面促进两岸各项交往和交流，推动两岸人员往来和经济文化交流迈向新层次、新水平；继续协助有关方面处理好两岸同胞交往中遇到的问题，维护两岸同胞的合法权益。海协会一定要珍惜并抓住两岸关系改善发展的难得机遇，推进两岸协商谈判进程，为构建两岸关系和平发展框架，作出历史性的贡献。
