第一任“行政院长”唐飞

　　第一任“行政院长”唐飞是李登辉的亲信，曾任“空军总司令”、“参谋总长”和“国防部长”等职。2000年陈水扁上台后，面临着军队不稳、“朝小野大”、施政困难的局面，他任命唐飞“组阁”借机稳住军队，另外唐飞是国民党人，可营造“全民政府”的假象。不过，民进党内部对唐飞反弹强烈，认为“自己的江山应该自己坐”，唐飞拒绝停建“核四”遭到民进党上下围攻。只做了137天的他被迫以健康为由辞职。

第二任“行政院长”张俊雄

　　接替唐飞的是民进党资深“立委”、与陈水扁私交甚笃的张俊雄。他的施政能力饱受争议，宣布停建“核四”电厂后遭到在野党的猛烈抨击，甚至引发罢免陈水扁的危机。在此过程中，张俊雄替陈水扁挡了无数子弹，并协助民进党在2001年“立委”选举中胜出，稳住了局面。2002年1月，陈水扁为了未来的政治布局，让张俊雄“内阁”总辞，张俊雄也只做了一年三个月。

第三任“行政院长”游锡堃

　　声称要打造“战斗内阁”的第三任“行政院长”是最听陈水扁话的游锡堃，不过他的施政能力也是外界公认最差的，有人称他是“七品的能力做了一品的官”。因为最能贯彻陈水扁的意图，游锡堃在几位“行政院长”中任期最长。但经济迟迟没有起色，民众怨声载道，2004年年底“立委”选举，泛蓝获得过半席位，民进党选举成绩不如预期，他被迫于2005年1月黯然下台。

第四任“行政院长”谢长廷

　　接着上场的是与陈水扁有着强烈心结的原高雄市长谢长廷。他打着“和解共生”的旗号准备大干一场，为参加2008年选举积累足够的政治资本。不过，谢长廷缓和朝野关系、两岸关系的施政目标不仅在岛内蓝绿高度对立的政治态势下没有市场，也不符合陈水扁的“急独”路线，2005年民进党“三合一”选举大败后，他作为陈水扁的替罪羊于2006年1月下台。

第五任“行政院长”苏贞昌

　　第五任“行政院长”是喜欢拿自己的秃头自嘲的苏贞昌。上任初期他小心谨慎，很少对外发言。随着陈水扁家族弊案缠身，苏贞昌为2008年选举考虑，开始逐渐与之划清界限，主张在两岸经贸政策上走较为务实、开放的“苏修路线”，同时在倒扁高涨之际提出辞职，结果与陈水扁种下难以化解的心结。中华银行挤兑风暴出现后，陈水扁终于找到复仇机会，修理苏贞昌毫不手软。

第六任“行政院长”张俊雄

　　张俊雄于2007年5月21日回锅接任“行政院长”一职。台湾地区第七届“立委”将于2008年2月1日上任，张“内阁”依“宪政”惯例向台当局最高领导人提出总辞，原订日期为1月28日，不料，“立委”选后爆发“新三宝”下台争议，谢长廷又丢出“CEO阁揆”说，人事考虑愈变愈复杂。张俊雄1月24日率领行政团队提出总辞。1月27日，陈水扁办公室宣布台当局“行政院长”张俊雄续任。