在台湾大学政治学系教授张亚中看来，此次台湾和菲律宾的冲突，是台湾在南海问题的总爆发。
张亚中分析，两岸在南海包括在钓鱼岛海域的联手护渔没有实质进展，主要是两方面的问题：第一是美国在作祟，它不希望两岸走得太近，希望借助台湾来牵制中国大陆；另一方面，目前两岸经贸往来已经很密切了，但是政治上的分歧一直都存在，这让很多台湾人没有安全感，他们担心，若是在南海或是钓鱼岛问题上与大陆走得太近，会被大陆“吞并”。
张亚中强调，台湾内部就存在政治分歧，时不时会被别有用心的人利用。在这方面，需要大陆透过各种方式，消除台湾民众的顾虑。让台湾人感觉到，大陆是有能力、有诚意携手台湾一起护卫疆土，而在这个过程中，台湾又可以保持一定的独立性。这两者没有冲突。
张亚中强调，目前能消除台湾民众顾虑的最有效办法，就是尽快展开两岸政治协商，探讨出一个大家都可以接受的模式。(海峡导报记者张燕娟)
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