阿拉法特之死重新成为国际热点，这对巴以关系可能是非常不好的征兆。如果在这一事件中双方不够克制，不能相互从对方的角度去理解对方，就可能将历史恩怨重新激发出来，也很可能会将近年来的和谈成果统统消耗掉，从而将双方的关系推向一个逐级紧张的新恶性循环之中。
阿拉法特开棺事件很可能会引发巴以之间新一轮的紧张局势。具体而言，理由如下：
第一，这件事情的出现强化了巴勒斯坦人对阿拉法特死亡事件的回忆。巴勒斯坦人认为，以色列长期就有刺杀阿拉法特的计划，而且，在阿拉法特死后，以色列极右派还宣扬阿拉法特是同性恋，并妄称阿拉法特可能死于艾滋病。因此，当巴勒斯坦人在回忆这段历史时会很容易想起这些相关事件，并把这些事件定义为以色列对巴勒斯坦精神领袖的仇恨和侮辱。这种回忆无疑会使巴勒斯坦对以色列的敌视情绪进一步加深。
第二，这件事情也激发了以色列对巴勒斯坦的不信任感。以色列人会猜测说，巴勒斯坦人在有意制造事端。以色列指出了几个疑点。例如，八年前阿拉法特遗孀苏哈坚决反对验尸，而为什么现在又支持验尸？再如，以色列的放射性物质专家伊利·卡蒙博士分析认为，根据放射性物质半衰期推算，如果当年阿拉法特死于钋中毒，那么在他遗物上发现的钋－210应该只剩下很小的量，而不可能在8年之后仍有如此高的含量。简言之，钋出现在阿拉法特遗物上的确可疑，不能排除是在他死后放上去的。
第三，开棺后的验证可能也不会消除双方的误解，反而会增加双方的不信任。如果证明阿拉法特遗体上的钋－210含量较低，那么以色列人会认为，他们之前的假设是正确的，即阿拉法特并不是被毒死的，是巴勒斯坦人在制造事端。然而，在巴勒斯坦人看来，这种证明仍然无法排除阿拉法特不是被暗杀的。钋－210的半衰期是138天。英国政府的辐射保护专家劳埃德就怀疑目前可能收集不到足够证明中毒的钋－210。简言之，巴勒斯坦人会认为，因为钋衰变较快，所以当时致死阿拉法特的钋可能现在已经检测不到了。
如果证明阿拉法特遗体上的钋－210含量较高，那么巴勒斯坦人则会认为，确实是以色列毒死了他们的精神领袖。然而，以色列人却可能还会认为，是巴勒斯坦人事后有意安排了这场中毒事件。开棺可能并不能充分地回答之前以色列人提出的那些疑问。因此，无论哪一种开棺的结果，都会将双方多年的不信任激发出来。当然，后一种结果对巴以局势可能有更加负面的影响。
第四，由这一事件所激发的不信任还会加速巴以双方国内势力的分裂。在以色列，这种分裂会表现为极右势力进一步对政治施加影响，从而推动以色列政府对巴勒斯坦采取更为强硬的外交和军事姿态。在巴勒斯坦，这种分裂会导致法塔赫和哈马斯的整合中断，并可能会使得哈马斯重新回到激进策略上去。这两种国内分裂可能还会相互激发进一步的恶性循环。哈马斯的激进行为会导致以色列极右势力的进一步发展，而以色列极右势力的强硬姿态则又会激发哈马斯进一步的激进抗争行为。这样的循环会把双方的谈判基础逐渐消解掉，从而使双方陷入以暴制暴的恶性怪圈之中。
