上海合作组织（简称“上合组织”）成员国元首理事会是上合组织最高机构，每年举行一次例会，就组织内所有重大问题作出决定和指示。自2001年以来，元首理事会已举行了11次会议。
2001年6月15日，上合组织成员国元首理事会首次会议在中国上海举行。会上，六国元首签署了《上海合作组织成立宣言》，宣告上合组织正式成立。
2002年6月7日，元首理事会第二次会议在俄罗斯圣彼得堡举行。六国元首签署《上海合作组织宪章》《关于地区反恐怖机构的协定》《上海合作组织成员国元首宣言》等三个重要文件，为上合组织的机制化和法律化建设奠定了基础。
2003年5月29日，元首理事会第三次会议在莫斯科举行。会上，六国元首讨论了在新形势下如何抓住机遇、应对挑战、加强协调、扩大合作、促进地区和平与发展等重大问题，并达成广泛共识。六国元首还签署了《上海合作组织成员国元首宣言》。
2004年6月17日，元首理事会第四次会议在乌兹别克斯坦首都塔什干举行。塔什干峰会标志着成立三年的上合组织正式结束初创阶段，进入了全面发展的新时期。会上，蒙古国被吸收为上合组织观察员。
2005年7月5日，元首理事会第五次会议在哈萨克斯坦首都阿斯塔纳举行。六国元首签署了《上海合作组织成员国元首宣言》等重要文件，并决定给予巴基斯坦、伊朗、印度观察员地位。
