近半年来，巴基斯坦与美国的关系趋于微妙，合作裂痕隐现。先是美国特种部队跨境进入巴基斯坦击毙“基地”组织前一号人物乌萨马·本·拉登，引发巴基斯坦强烈抗议；后是美方指认“哈卡尼网络”获得巴方军情机构支持，遭到巴基斯坦政府严词否认。
一些分析师认为，26日的空袭事件可能进一步把巴美合作推向“冰点”。分析人士评论称，这是十年来巴基斯坦同西方关系最紧张的时刻，巴美关系裂痕将继续加深，两国反恐合作前途黯淡。
分析认为，此次袭击与击毙本·拉登不同。5月2日的突袭事件是精心策划的结果，而此次北约越境袭击事件很可能是一起误伤事件。按照巴方此前的警告，如美国及北约再侵犯巴方主权，将面临失去巴基斯坦这个盟友的风险。在目前阿富汗撤军业已启动、反恐压力倍增的情况下，美国及北约没有必要冒这一风险。因此观察家们更倾向于把此事划归为“误袭”事件，原因是这个受袭检查站是巴方为了加强边境管控而新增的，不排除北约在没有掌握巴方检查站最新分布的情况下，对阿巴边界的武装分子进行追击时，误闯入巴方安全人员控制区域，遭巴方武装反击后，北约“痛下杀手”，从而造成伤亡人数最多的单起误伤事件的可能性。但无论是蓄意也好，误伤也罢，造成的人员伤亡已是板上钉钉，使本已“风雨飘摇”的巴美关系再受沉重一击。
美联社称，这一事件令美国重建已经千疮百孔的美巴联盟的努力遭受重大打击。美巴联盟对逐渐结束持续十年的阿富汗战争至关重要， 如果巴基斯坦长期关闭北约供给线需要经过的巴阿边境的两个关口，就会给联军造成严重问题。
巴美关系僵局自“本·拉登事件”以来，一直在低谷徘徊。日前因美国大力施压巴方开刀“哈卡尼网络”，双边关系处于新一轮紧张边缘，两国军事机构之间的角力令这场没有硝烟的战争在其他方面显现，例如新近爆出的涉嫌挑拨巴政府和军方关系的“备忘录门”，有分析家便将矛头指向美国情报部门。
在阿富汗问题上，巴美的分歧也呈公开化态势。巴基斯坦对于美国迎捧印度在阿富汗问题上发挥积极作用的立场持坚决反对态度，并带头在阿富汗问题伊斯坦布尔会议上对美方的主张提出质疑。在反恐合作上，边境检查站遇袭事件一出，巴立即宣布关闭巴境内通往阿富汗的北约后勤补给线，摆出“不合作”姿态。再加上此前传出的巴与塔利班组织尝试和谈的报道，都似乎释放着巴美渐行渐远的信号。如今再次遭到以美国为首的北约部队“不分青红皂白”的打击并遭受“9·11”反恐合作以来最惨重的“误伤”，巴美的矛盾正在激化，至少在民间，已经掀起声势浩大的反对浪潮。
在巴步入“大选年”的关键时期，屈从于选举政治的巴高层理论上不得不向民意低头，无论是为了彰显国家主权，还是单纯给选民一个交待，巴政府未来在对美关系上将会有明显的针对性举动，巴美关系的裂痕将继续加深，两国反恐合作前途黯淡。
然而，巴美关系并不会全面破裂。空袭事件发生后，美方和北约的态度明显软化，不希望扩大事态；而巴基斯坦也没有将和解的大门封死，虽然巴已下令封锁对驻阿美军和北约盟军的后勤补给供应，但能否全面实施和永久实施是个问题，也可能是暂时关闭通道，为与美方进一步讨价还价做准备。
事实上，无论是美国还是巴基斯坦，都无法承受彻底翻脸的代价。德国《柏林日报》认为，巴美如果真闹翻，其结果就是双方的失败，北约十年的反恐战争可能前功尽弃。
路透社报道说，伊斯兰堡严重依赖美国的高达数十亿美元的援助，而且向北约提供帮助给巴基斯坦人提供了大量工作机会。《巴基斯坦快报》的一篇社论说，“事实是，对我国主权的这种入侵已经成为家常便饭，我们已经变得如此依赖美国，我们只能忍着”。
法国《观点报》的文章称，这次事件的影响也许不至于一拍两散那么糟糕，但的确十分恶劣，注定将令巴美关系进一步复杂化，进而影响阿富汗反恐战争的局势。
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