台湾岛内之前爆出法官集体收贿案、性侵幼童判决争议引发民间团体不满，乃至最近陈水扁二次金改案一审判无罪等，许多民众不满个别案件判决，或质疑当局推动的司法改革未见成效。马英九表示，有民众误认为“执政”可以左右法院判决，否则就是无能；他会把民众的声音放心上，但领导人绝不能逾越职权，干预司法个案。
马英九接受媒体专访时表示，民众对于个别司法案件的结果或是阶段性的结果有好恶，这是很正常的现象，但身为领导人，一定要有非常明确的分际，“我不能够干预司法个案，我不会听不到民众的声音，我都听到了，我也会把民众声音放在心上，但我绝对不能逾越我的职权去干预”。
马英九说，前段时间被骂的很惨，甚至被民意代表批评无能，但他要让大家知道，领导人的权限是不能走到那个地步的。
马英九强调，身为领导人，听到这样的民意不可能麻木不仁或完全漠视，“但我不会说去下令这要怎么做”；民众的声音要听、要想，更要想办法适当回应，最好回应的办法就是通案性的司法改革。
马英九并举例，现在推动的“廉政署组织法”与“法官法”等立法工作，就是希望透过制度性改革减少缺失，他并称，“法官法”将建立一套司法官的退场机制，现在已列为优先法案。
此外，马英九也指出，包括领导人在内，所有官员都必须以身作则，不能越权或违法贪渎，相信透过一系列的作法，打造干净“政府”的目标终可实现。
