国家卫生部、国家中医药管理局六月二日就办理台湾地区医师申请大陆《医师资格证书》有关事宜发出通知，规定台湾医务管理学会作为在台的唯一代理机构，负责接收台湾医师递交的各项申请材料，并提供有关申办咨询和指导服务。
通知称，台湾医务管理学会对材料进行初步审核认证后出具推荐函，连同所有申请材料寄送至台湾医师拟申请大陆所在地的省级卫生行政部门。相关省级卫生行政部门收到材料按程序审核后，将大陆《医师资格证书》寄送回台湾医务管理学会。
各省级卫生行政部门将只接收由台湾医务管理学会转交的申请材料，不再受理个人或其他机构提交的申请。台湾医师取得大陆医师资格后，在大陆行医期间发生医疗纠纷等问题，各省级卫生行政部门可请台湾医务管理学会提供咨询、协商、调查等方面的协助。
