农业部2008年9月3日上午与福建省签署双方共同推进海峡西岸现代农业建设的合作协议。农业部在协议中表示，将支持海峡两岸（福建）农业合作试验区建设，进一步促进海峡两岸农业交流与合作。
协议称，农业部将支持海峡两岸（福建）农业合作试验区建设，重点加强对台农业资金、技术、良种、设备等生产要素的引进与合作，进一步促进海峡两岸农业交流与合作；将《海峡两岸（福建）农业合作试验区发展规划》的重点合作项目纳入海峡两岸农业交流与合作总体规划，指导福建省台湾农民创业园建设，支持福建借鉴台湾农业管理经验，发展农民专业合作经济组织；支持福建与台湾开展农业技术合作、农业技术咨询与培训。
农业部与福建省还就农业基础设施建设、农业优势产业和特色产品、外向型农业发展、现代农业的政策和机制保障等方面达成一系列合作意见。
农业是闽台合作的重点和特色。1997年7月，福州、漳州获准设立海峡两岸农业合作试验区；2005年7月，经国务院同意，设立“海峡两岸（福建）农业合作试验区”，闽台农业合作试验区扩大到全省。
截至目前，福建省已累计批办台资农业项目2000多个，合同利用台资超过25亿美元，在大陆各省区市中位居第一。
