据台湾《联合报》报道，“台日”签署渔业协议，马英九表示，协议的真正关键，在适用海域涵盖近7万平方公里，约近两个台湾那么大，这一区域的距离，若只以台湾作为基点，是构不到的。这是否代表协议内涵台湾对钓鱼台“主权”的主张，马英九表示，海洋法是陆地决定海洋，没有“主权”哪来渔权？
马英九说，他赞同台大法律系国际法教授姜皇池投书媒体有关渔业协议的论点。姜皇池指出，以协议的适用海域观察，法律上或可解释成日本已在双方协议中，默认台湾是钓鱼岛“主权”的争端方。
马英九提出东海和平倡议后表示，在钓鱼岛问题，台湾坚持搁置争议、和平互惠、共同开发，当时他呼吁日本应承认争议的存在，才可能和平解决钓鱼岛问题。
马英九指出，在渔业协议中，渔民作业水域增加4530平方公里，这其实才一点大，但关键在于协议涵盖近7万平方公里。以前台湾渔民去这片海域捕渔，或多或少会受到日本干扰，他上任后情况好了一点，日本已不扣台湾渔船，顶多来骚扰一下，但现在连骚扰都没有。
他说，台湾马上要再和日本商谈，毋需开预备会议，因为双方已设了经常性的渔业委员会。
马英九表示，渔业协商不只现任安倍首相支持，前任首相野田也支持，这一区域本来就是台湾传统渔场，日本琉球渔民很少来。
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