据台湾媒体报道，“行政院”组织改造，从国民党执政，换到民进党执政，再到国民党重新执政，前后拖延数十年，总算迈开脚步，但是组织改造过程，却暴露出机关本位主义，缺乏通盘检讨的问题。劳委会、“卫生署”都因为业务的专业考量，主张将原先的聘雇人员，在改制过程中转为编制内公务员，因为人事员额暴增，增加财政支出总计超过百亿元（新台币，下同），这与组织整并的政策目标刚好是背道而驰。
组织改造推动困难，多半因为部会的本位考量各行其是，私下运作各方，通过“立委”牵制“行政院”方面的决策，扭曲组织改造的政策目标。当局推动组织改造，是要精简人力，降低非必要的人事支出，曾经是百万大军的台防务部门，都砍到剩下20多万人，但部分机关在裁并过程中，不能思考改造的政策目标，只想保有现有的资源，就会出现越改造人越多，人事负担越沉重。
“行政院”主其事者没有能够拿起政治责任，遏止机关本位主义，才会造成这种机关精简整并后，编制人员却更多的怪现象。“行政院”根本就不该对“劳委会”、“卫生署”大开方便之门，破坏的官制官规，不仅违反组织精简的目标，更是破坏人事政策与法规。
当局有许多业务需要专业人士，无可厚非，但现况许多专业人士无法满足公务人员的任用资格，也是事实，要解决这个问题，并不是简单的把编制外人员纳编，破坏文官体制的稳定。政府应该思考的是如何改变人事制度，创造一个管道，让专业人士可以成为公务员，而不是用艰涩的考试，吓跑专业人才，影响取才。
“铨叙部次长”吴聪成：为了公平正义 非挡不可
组织改造，“铨叙部”统计，光是“劳保局”、“健保局”两个单位，就各有488人、469人有机会转任公务人员，一旦顺利转任，近千人未来的月退俸就将让公库增加104亿元（新台币，下同）。“铨叙部次长”吴聪成态度坚决地说“为了公平正义，非挡不可！”
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