在中国大陆浙江象山港渔民完成“千船齐发”来去钓鱼岛海域之后，台湾宜兰渔民也从南方澳渔港“百船齐发”，驶往钓鱼岛海域，台湾“海巡署”派出十艘舰艇护航，最后进入钓鱼岛三哩海域，与日本保安厅十多艘巡逻艇形成对峙局面，双方舰艇互喷水柱宣示主权。马英九“政府”原先在保钓作为一直给外界批评仅止于纸上谈兵，口气坚定但行动软弱，现在为形势所逼转趋强硬，但对马“政府”而言，真正的挑战现在才刚开始。
马英九先生在2008年就职之后，对外一路走“和中友日亲美”战略路线，在中、日之间为钓鱼岛问题节节升高冲突之际，马英九抛出一个流于口头表述的“东海和平倡议”，虽有一定的战略高度，但也是权衡得失不得不然的选择。以台湾对日、美两国政经关系之长期依赖，口头保钓虽然很难展现出马英九屡屡振臂疾呼“寸土不让”的气势，但一旦升高对日冲突，不要说台湾所希望争取钓鱼岛海域的渔权难以获得，对已经疲弱不振的台湾经济，恐怕又将进一步造成不确定的冲击。
中国大陆升高对日冲突，在法理上必然要紧扣台湾，大陆官方多次强调基于民族大义两岸共同保钓，台湾官方对此则反映冷淡甚至排斥，理由无它，两岸在保钓所面临的博奕情境迥异，台湾在维系主权上与大陆殊途同归，但联手抗日的代价可能非台湾目前可以承受。现在马“政府”迫于形势升高对日冲突，只是这样一来，马英九“政府”也将渐入保钓的“深水区”，也就是逐渐由涉外议题与中国大陆进入政治协商。
台湾“海巡署长”王进旺在宜兰渔船出航前一天，在“立法院内政委员会”表示，台湾绝对不会与中国大陆联手护渔，若遇到大陆渔船，将予以驱离，也希望日本不要干扰。王进旺的说法颇能凸显马“政府”现在所面临的困境，首先，马“政府”虽说迫于形势派出舰艇护渔，但也因为先有中国大陆海监船与渔政船护渔在前，台湾才有可能亦步亦趋，现在台湾“海巡署”舰艇既不跟大陆联手抗日，还要驱离大陆渔船，显然民族大义还是敌不过两岸“主权”争议。如果未来大陆渔船在此海域活动，同时有日本海上保安厅舰艇跟台湾“海巡署”舰艇出现，台湾舰艇到底是要保护大陆渔船，还是要驱赶大陆渔船？
其次，渔权的本质还是一个主权的问题，所以王进旺才会说台湾遇到大陆渔船要予以驱离。反过来说，台湾要跟日本争渔权，日本也是基于维护主权因此不肯放出渔权，现在中国大陆升高对日冲突，未来两岸渔权问题已经逐渐一体化，也跟主权问题更紧密挂勾，反而限缩台湾跟日本进行渔权谈判的空间。
台湾在保钓作为上最大的困境，当然就是可资对抗日本的筹码太少，所以难有战略纵深；反观中国大陆有雄厚的政经实力可以磨耗日本，连台湾内部逐渐升温的保钓风潮，也多少也受到大陆保钓势头的牵引。在宜兰“百船齐发”之前，马“政府”的保钓作为是“口头争主权，行动争渔权”，宜兰“百船齐发”演变成“政府争主权，民间争渔权”，争主权与争渔权行动上合一，保钓方向逐渐转化，但这并没有改变台湾抗日筹码太少的现实。在“百船齐发”之后，如果台湾内部保钓继续升温，无疑将创造出马“政府”往两岸深水区移动的推力，也将改变马“政府”策略选择的得失权衡。
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