台湾防务主管部门26日表示，台湾当局领导人马英九高度肯定海巡和防务部门25日在保护渔民和渔船前往钓鱼岛海域保钓护渔，宣示主权的作为。马英九当天在“联勤司令部”与官兵餐叙致辞时强调，当局对渔民合法且在传统渔场捕鱼的权益，一定全力维护。
马英九说，在25日的保护渔民保钓护渔中，台湾海空军一方面提供最精准信息，让海巡部门能够充分掌握钓鱼岛及附属岛屿水域的海空情势，另方面军舰及军机也处于待命状态，在第二线做好准备，以防万一发生状况能在最短时间提供必要的援助。
他说，“我们绝对不会”把军方“摆到第一线，一定是在第二线”，但军方“不能不做好准备”。海巡部门的背后有海空军的信息，让它们得以掌握钓鱼岛水域的海空情势。
对于渔民们展现的团结与理性，以及当局相关单位彼此密切联系，让每艘渔船安全返航，马英九也特别表达感谢与嘉勉。并表示，钓鱼岛海域是台湾渔民长年的渔场，作业都超过100年，清朝时就开始，所以有些渔民把钓鱼岛当成后院一样，打鱼累了就上岛捡鸟蛋，休息一下，这是非常常见的事，因此，当局对渔民合法且在传统渔场捕鱼的权益，一定会全力维护。
台湾防务主管部门发布的新闻稿披露，为备援25日海巡部门的护渔保钓行动，台湾海军分别由济阳级舰2艘、成功级舰1艘担任策护、应援任务，“舰指部”并于宜兰苏澳作战指挥中心开设前进指挥所，负责任务指挥与管制。空军则分别由F-16、幻象战机计14架次于北部空域执行战斗巡逻，以便可随时转用至东部空域。
另外，F-16及幻象战机计8架次分别于花莲、新竹基地警戒待命；E-2K空中预警机计4架次于适当空域警戒，并由“空作部”负责任务指挥与管制。空军松山机场保持S-70C机计4架次15分钟待命，海军“舰指部”还于基隆港备救难舰1艘，以利执行海上人道救援任务。
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