据台湾《中国时报》报道，吴敦义等待三十余天后将继任台湾地区副领导人。当追查、研究三一九枪击案成为副手任务之一，无疑是艰巨挑战，稍一不慎就会出现政治后座力。
三一九枪击案已届八年，即使台湾检方特侦组重启调查，吕秀莲仍质疑枪击案疑点重重，即使国民党荣誉主席连战也担心三一九成为“历史悬案”，当“福小姐”、朱浤源长年奔走，追查枪击案真相在八年后竟成蓝绿公约数。检视这起当年惊天动地的枪击事件，早跳脱刑案本质，从蓝营群众凯道反扁，直到“刑事局”、民间真调会报告出炉，枪击事件仍是信者恒信、不信者恒不信。
二○○四年台湾“大选”后，民进党当年行使“抵抗权”阻挠真调会查案，国民党也发动“倒阁案”，“朝野”在“立法院”紧张对峙、相互封杀对方提案，其间还有红衫军倒扁上街，蓝绿阵营简直杀红眼。
当马英九上任后，追查枪击案转为台面下进行，确实没太多进展，国民党中央鲜少碰触此议题，就怕激化“朝野”对立。
其实，诸如美国肯尼迪总统遭枪击，继任的约翰逊一度大叹自己是“非法接班人”，背负着枪击案阴影；尼克松因水门事件下台，继任的福特却特赦尼克松，带领美国人走出朝野分裂的阴影。两件引发当时美国朝野极端对立的个案，却因不同的处理方式有截然不同的政治后果。
报道称，当吴敦义以副手身份项目研究三一九案，即使可对党内大老交代，也安抚深蓝的历史伤口，势必也无可回避蓝绿对立的敏感课题；要当约翰逊与福特，吴敦义必须仔细斟酌。
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